Грибковая заеда фото: Заеды в уголках рта — причины появления, при каких заболеваниях возникает, диагностика и способы лечения

Лечение кандидоза полости рта. Какими препаратами лечат?

Что такое кандидоз полости рта? Чем он вызван?

Кандидоз ротовой полости — это грибковая инфекция, возбудителями которой являются различные виды гриба рода Candida. Эти микроорганизмы относятся к условно-патогенным, то есть постоянно находятся в полости рта человека, не вызывая заболеваний. Активировать размножение грибка и развитие болезни могут гормональная перестройка организма, переохлаждение, эндокринные патологии, угнетение иммунных функций организма. Более всего кандидозу подвержены грудные дети и пожилые люди: иммунитет у детей ещё только формируется, а защитные функции организма пожилых людей часто бывают ослаблены хроническими заболеваниями.

Под влиянием специфических веществ, выделяемых грибком, в организме генерируется иммунный ответ, проявляющийся в виде аллергической реакции как повреждение слизистой оболочки полости рта. Candida также обладают спектром ферментов, способных внедряться в клетки эпителиальных тканей человека и разрушать их.

Как выглядит кандидоз?

Общими симптомами кандидоза являются покраснение слизистой оболочки полости рта, её отёчность, обложенный белым налётом язык, сухость во рту, высыпания в полости рта, похожие на манную крупу. В уголках губ могут появиться ранки. Если кандиды переместились на слизистую оболочку глотки, может просматриваться творожистый налёт на миндалинах. При кандидозе человек ощущает боли при приёме пищи, разговоре, жжение, пощипывание и сухость во рту.

Заболевание может проявлять себя по-разному и протекать в нескольких формах.

Острый псевдомембранозный кандидоз, он же «молочница»

Чаще встречается у детей, чем у взрослых. Новорождённый ребёнок может заразиться кандидозом от матери, проходя через родовые пути, а также во время кормления грудью. Заболеваемости «молочницей» подвержены дети более старшего возраста, чей иммунитет ослаблен длительными инфекционными заболеваниями. Также «молочница» возникает на фоне гиповитаминоза, эндокринных заболеваний, длительного приёма антибиотиков. На слизистой оболочке языка, нёба и щёк образуются точечные наросты белого цвета, сливающиеся в пятна, имеющие творожистый вид. Слизистая оболочка полости рта яркого оттенка, наблюдается сухость во рту. Язык ребёнка часто покрыт налётом, отёчен, сосочки языка увеличены. Ребёнок может отказываться от еды, жаловаться на дискомфорт, покалывание и зуд во рту. Если вовремя не обратиться к врачу, процесс распространяется по организму и сопровождается повышением температуры тела.

Микотическая заеда

В уголках рта имеются трещины, покрытые налётом или корочками. Иногда процесс переходит на губы, они приобретают яркий оттенок и покрываются серыми чешуйками. Развивается кандидозный хейлит. Присутствуют жжение и покалывания в данной области, боли при приёме пищи, открывании рта, при улыбке. Патология часто встречается у пожилых людей, имеющих патологические изменения прикуса.

Хронический и острый атрофический кандидоз

Белый налёт может просматриваться по бокам языка и в глубоких складках полости рта. Язык имеет малиновый оттенок и блестящую поверхность, сосочки языка сглажены. Могут поражаться уголки рта. Обычно встречается у людей, длительно использующих съёмные ортопедические конструкции. Эта форма кандидоза может как появиться внезапно, так и беспокоить пациента в течение длительного времени.

Хронический гиперпластический кандидоз

Слизистая оболочка полости рта красная. На языке и на нёбе имеется большое количество беловато-серого налёта, иногда наблюдаются желто-серые плёнки. Поверхность нёба нередко становится бугристой. Ощущается сухость во рту, боли при приёме пищи.

Как лечить кандидоз?

Если вы обнаружили у себя признаки кандидоза, в первую очередь обратитесь к врачу-стоматологу. Он произведёт осмотр полости рта, установит, что могло послужить причиной начала заболевания.

Далее врач-стоматолог назначит вам средства для местного применения с противогрибковым и обезболивающим эффектом. Для подтверждения диагноза со слизистой оболочки полости рта осуществляется забор биологического материала, после чего направляется в лабораторию на посев. Это необходимо для подтверждения диагноза.

Если у врача-стоматолога имеются подозрения на наличие у пациента патологии, которая могла спровоцировать развитие кандидоза, его перенаправляют к специалисту соответствующего профиля. Лечение фонового заболевания необходимо для того, чтобы в будущем избежать рецидивов грибковой инфекции.

Лечение кандидоза: рекомендации больному

На время лечения рекомендуется временно не использовать съёмные протезы. Если существует необходимость в ежедневном ношении съёмных ортопедических конструкций, рекомендуется регулярно обрабатывать их теми же антисептиками, что и полость рта. Также больному человеку придётся пересмотреть свой рацион питания. Росту грибка Candida способствуют продукты с высоким содержанием углеводов, крахмала и сахара. Они создают в полости рта среду, благоприятную для размножения патогена. Для скорейшего излечения желательно придерживаться здорового питания, употреблять много воды.

Осуществляйте гигиену полости рта после каждого приёма пищи. Соблюдайте все рекомендации врача, регулярно ополаскивайте полость рта и применяйте исключительно те лекарственные средства, которые назначил вам врач. Если с языка или щёк не сходит белый налёт, не пытайтесь удалить его самостоятельно. Вы можете травмировать слизистую оболочку ротовой полости, вследствие чего возбудитель кандидоза попадёт в кровоток, и инфекция распространится по всему организму.

Кандидоз: профилактика заболевания

Грибок Candida может обитать в кариозных полостях больных зубов, в непролеченных зубных каналах. Иногда он локализуется в микроскопических трещинах на керамических протезах и под ними, покрывает пластмассовые ортопедические конструкции. Для предотвращения развития кандидоза рекомендуется осуществлять качественную санацию полости рта, вовремя заменять устаревшие мостовидные протезы, коронки.

Избегайте самолечения. Некорректно подобранная лекарственная терапия может спровоцировать состояние дисбактериоза, в результате которого численность «полезной» микрофлоры организма уменьшится, а патогенной, например возбудителей кандидоза, увеличится.

Если в доме есть маленький ребёнок, старайтесь придерживаться правил гигиенического ухода за детьми. Избегайте переохлаждения, стрессовых ситуаций, соблюдайте нормальный режим сна, чтобы не допустить снижения иммунитета.

Кандидоз полости рта: симптомы, особенности, диагностика и лечение заболевания

Содержание статьи:

1. Что такое кандидоз?
2. Причины появления кандидоза в полости рта URL
3. Симптомы и особенности течения кандидоза у детей
4. Симптомы кандидоза ротовой полости у взрослых
5. Диагностика кандидоза полости рта
6. Лечение кандидоза

Здоровье нашего организма напрямую зависит от состояния полости рта. Однако, если Вы подумали, что на состояние ротовой полости влияет только целостность зубов, это не так. Помимо зубных единиц не меньшее влияние на здоровье человека оказывает и слизистая ротовой полости, являющаяся идеальной средой для размножения различных бактерий, которые могут как укрепить иммунитет, так и пагубно сказаться на общем состоянии организма, став причиной возникновения различных заболеваний. Одним из подобных недугов является кандидоз полости рта, который не имеет возрастных ограничений, а потому встречается у людей любого возраста.

Что такое кандидоз?

Кандидоз полости рта (молочница) — это белый творожистый налет на слизистой оболочке рта, причиной появления которого становится одноклеточный грибок рода Candida. В идеале этот организм в небольшом количестве присутствует в числе полезной микрофлоры кишечника, влагалища, носоглотки или на коже 70-80% людей. Такое положение вещей в медицине считается нормой, поскольку в малых количествах данный вид грибка совершенно безвреден. Однако, под воздействием некоторых факторов кислотная среда в человеческом организме может стать не такой концентрированной, что приведет к повышению уровня рН и размножению грибка типа Candida.

Чаще всего встречается кандидоз полости рта у детей и стариков, вынужденных носить зубной протез, под которым формируется идеальная среда для размножения грибка. Также от кандидоза страдают взрослые, иммунитет которых по той или иной причине ослабел.

Причины появления молочницы в полости рта

Причинами для появления и развития кандидоза могут служить следующие обстоятельства:

• Ослабленный иммунитет. Это могут быть возрастные изменения или дефицит иммунных клеток как последствие перенесенной болезни.
• Беременность. У женщин, находящихся в «интересном» положении, меняется гормональный фон, который приводит к нарушению обмена веществ и ослаблению иммунитета. В итоге, организм превращается в благоприятную среду для развития вредоносного грибка.
• Прием антибиотиков. Антибиотики уничтожают многих представителей полезной микрофлоры, а устойчивые к его воздействию грибки — напротив, начинают размножаться.
• Радиотерапия (лучевая терапия). Воздействие радиоактивных лучей не только убивает раковые клетки, но и нарушает микрофлору организма.
• Ношение зубного протеза. Под конструкцией протеза развивается идеальная среда для размножения вредоносных организмов кандидоза.
• Вредные привычки (курение, употребление алкоголя и наркотиков).
• Микротравмы слизистой ротовой полости.
• Хронический дисбактериоз. Для некоторых организмов дисбаланс представителей микрофлоры является обычным состоянием. У таких пациентов заболевание может носить неярко выраженный хронический характер.

Также к числу факторов, которые могут стать причиной развития кандидоза, относят некоторые заболевания, которые существенно ослабляют иммунную систему: туберкулез, ВИЧ, болезни пищеварительного тракта и надпочечников.

Симптомы и особенности течения болезни у детей

Дети относятся к категории риска, которая больше взрослых подвержена «атаке» белой Кандиды. Согласно данным статистики 20% грудных детей в возрасте до 1 года и 5% новорожденных младенцев переносят молочницу, заразившись от матери или от персонала родильного дома. Причиной для инфицирования и активного размножения грибка становится несформированность слизистой оболочки рта, слабый иммунитет, а также нестабильность микрофлоры, которая для детей такого возраста является нормой.

Обычно местом размножения для грибка становится внутренняя сторона щек младенца. Но также могут быть поражены миндалины, язык и глотка. Как правило, определить молочницу на ранней стадии у младенцев довольно сложно. Слегка покрасневшая ротовая полость, на которой нет и признака налета, не вызывает беспокойства у мам. Однако, через несколько дней во рту малыша появляются характерные крупицы, которые по внешнему виду напоминают частички манной крупы. Если на данном этапе не начать лечение кандидоза полости рта, то небольшие «манные» точечки постепенно превратятся в крупные творогоподобные комочки, а в некоторых местах — в пленки белого цвета. И те, и другие проявления недуга легко убираются с помощью стерильного тампона. После удаления налета на месте комочков и пленок остаются розовые пятна, а иногда даже выступают капельки крови.

При отсутствии лечения ротовая полость ребенка покрывается равномерным белым налетом, скрывающим воспаленную оболочку рта. Ребенок становится капризным, отказывается от еды и груди. Также может наблюдаться повышение температуры до 39С.

Симптомы кандидоза ротовой полости у взрослых

Кандидоз у взрослых так же, как и у детей, проявляется не сразу. Поэтому симптомы заболевания на разных этапах будут разниться. Однако, с увеличением количества бактерий на поверхности слизистой признаки болезни становятся все более очевидными.

1. Легкое покраснение, отек и сухость во рту. Это признаки начального этапа, когда грибок только начинает «завоевывать» территорию. Кандиды проникают внутрь клеток и, выделяя ферменты, растворяют ткани слизистой. В итоге, больной испытывает легкий дискомфорт (также это могут быть более или менее заметные болезненные ощущения).
2. Появление белого творожистого налета. Сначала на слизистой поверхности щек, десен, неба или языка появляются мелкие, едва заметные белые крупенечки, которые впоследствии превращаются в хорошо заметные комочки и сливаются воедино в пленки белого цвета. На данном этапе хлопья легко снимаются, а под ними обнаруживаются красные пятнышки с небольшими капельками крови. Также на данном этапе больной может испытывать незначительный зуд и жжение.
3. Сильный зуд и жжение. Эти симптомы кандидоза свидетельствуют о глубоком поражении тканей и аллергии, которой организм реагирует на выделение грибковыми организмами ферментов. На данном этапе может быть поражена не только слизистая щек, десен, языка и неба, но также глотка и даже поверхность губ. Также на этой стадии возможно повышение температуры и появление в уголках рта микотической заеды.

Наиболее тяжелой стадией кандидоза является полное отравление организма ферментами белой кандиды, и, как следствие, существенное ослабление иммунной системы. Однако, столь тяжелые проявления встречаются в настоящее время крайне редко, поскольку большая часть пациентов стремится вылечить кандидоз полости рта, симптомы которого еще не указывают на крайние стадии.

Диагностика молочницы полости рта

Для того, чтобы подтвердить диагноз, доктор осуществляет визуальный осмотр полости рта, а также выслушивает жалобы пациента. Помимо этого больному также придется сдать некоторые анализы, в число которых входит:

• соскоб с внешней оболочки слизистой;
• анализ крови на сахар;
• клинический анализ крови.

После получения результатов лабораторного исследования доктор сможет сделать правильные назначения. Ведь нередко недуг является побочным эффектом таких болезней, как сахарный диабет, лейкоз и заболевания ЖКТ. Соответственно, не устранив перечисленные заболевания, надеяться на избавление от молочницы не стоит.

Лечение кандидоза

Лечение болезни в каждом отдельном случае будет назначаться в индивидуальном порядке. Однако, в любой системе будут присутствовать такие препараты, как:

1. Антимикотики (полиеновые антибиотики и имидазолы). Уничтожают кандиду не только на поверхности слизистой рта, но и в других органах, способствуя восстановлению поврежденных тканей.
2. Витамины (В2, В6, С и РР). Способствуют укреплению иммунной системы.
3. Глюконат кальция и железо. Кальций снизит проявление аллергической реакции, а постоянное поступление в организм новых доз железа позволит восстановить обмен железа, который нарушается вследствие размножения кандид.
4. Препараты для местного воздействия (йод, лизоцим в таблетках, левориновая мазь). Средства оказывают местное воздействие на очаги молочницы.
5. Растворы для полоскания. Это могут быть дезинфицирующие средства и щелочные растворы, которыми полоскают рот через каждые 2-3 часа.

Также в процессе прохождения терапии рекомендуется соблюдать диету, во время которой следует ограничить количество кондитерских, острых и кислых продуктов, сделав упор на теплые и полужидкие блюда с нейтральным вкусом.

Понравилась статья?

Кандидоз: чем опасен белый налёт во рту

Как проявляется и чем опасна инфекция

Самый яркий симптом кандидоза полости рта — это белый рыхлый налёт на слизистой. В основном он покрывает язык, щёки, может затронуть дёсны и нёбо. Налёт легко поддаётся выскабливанию, ткани под ним подвержены покраснению и могут кровоточить. Среди других признаков заболевания:

• неприятный привкус;
• сухость во рту;
• жжение;
• появление трещин в уголках губ;
• затруднённое или болезненное глотание;
• неприятные ощущения при привычных движениях языка.

Кандидоз бывает острым и хроническим. В большинстве случаев проявляется именно острая форма, хроническая характерна для носителей ВИЧ-инфекций и курильщиков. В зависимости от степени и формы заболевания могут наблюдаться и другие симптомы, поэтому даже при появлении одного-двух необходимо сразу обратиться к стоматологу.

Причины кандидоза полости рта

Как возникает заболевание? Грибок вида Candida обитает в организме с самого рождения и при стечении определённых обстоятельств провоцирует болезнь. Что становится спусковым крючком для инфекции:

• ослабление иммунитета;
• приём антибиотиков;
• длительное использование съёмных протезов, особенно в случае их неплотного прилегания;
• недостаточная гигиена полости рта;
• курение;
• онкология;
• использование ингаляторов при астме;
• избыток простых углеводов в рационе;
• период беременности;
• младенческий или пожилой возраст.

Видно, что причин много, зачастую они действуют совместно, реже — по одиночке. В целом, кандидоз полости рта у взрослых возникает редко. В основном ему подвержены малыши в первые годы жизни и люди пожилого возраста. Среди этих категорий распространённость заболевания достигает 10%.

Как проходит лечение кандидоза полости рта

Для начала скажем, что лечение необходимо, иначе инфекция распространяется на глотку, миндалины, дёсны. Дальше заболевание опускается в лёгкие, ЖКТ, печень и наносит им непоправимый вред.

При появлении первых признаков кандидоза слизистой полости рта следует обратиться в стоматологу или терапевту для подтверждения диагноза. На приёме у врача опишите все имеющиеся симптомы, даже те, которых нет в списке. Например, вы заметили повышенную тревожность или склонность к стрессам в последнее время. Также важны сведения о принимаемых вами лекарствах, последних заболеваниях и нахождении в обществе болеющих людей. Для подтверждения диагноза зачастую достаточно взять мазок из полости рта и провести соответствующий анализ. Если же болезнь перешла уже на другие органы, может потребоваться более тщательное обследование, например, эндоскопия — диагностика состояния пищевода и желудка с помощью гибкой трубки с камерой на конце.

Чем лечить кандидоз полости рта? Лечение может быть местным или системным в зависимости от формы и стадии заболевания. При местном назначают противогрибковые средства и антисептики. Это могут быть спреи, ополаскиватели, гели, леденцы и другое. Лечение в среднем занимает до 3 недель, по общему правилу — до исчезновения симптомов и ещё одну неделю. Системное лечение применяют при хронических формах или при распространении инфекции на другие органы. Обычно оно предполагает использование большего количества лекарств, предназначенных для лечения непосредственно поражённых участков.

Ни в коем случае не прибегайте к самолечению! Грибковое инфекционное заболевание не имеет ничего общего с воспалением, так что своими действиями вы скорее навредите своему организму. При этом вы можете снизить пагубное влияние инфекции и облегчить самочувствие. Для этого ешьте натуральный йогурт без сахара и принимайте пробиотики по рекомендации врача. Но эти действия не являются полноценным лечением кандидоза во рту!

Как избежать кандидоза?

Для профилактики заболевания необходимо соблюдать несколько простых правил:

• поддерживать гигиену полости рта;
• обращаться к стоматологу не реже двух раз в год даже при отсутствии жалоб;
• контролировать питание, не допускать избытка углеводов в пище;
• воздержаться от курения, которое может стать причиной хронической формы заболевания.

Лечение кандидоза слизистой полости рта может занять длительное время, а также нанести непоправимый вред здоровью, поэтому рекомендуем заранее позаботиться о себе, соблюдая меры профилактики. Если же симптомы уже начали проявляться, обратитесь к врачу как можно скорее, чтобы инфекция не успела распространиться на другие органы. Пройти диагностику полости рта вы можете в «Стоматологии Комфорта». Наши специалисты подробно расскажут о профилактике распространенных заболеваний зубов и дёсен, а также при необходимости проведут качественное лечение.

Заеды в уголках рта: как быстро избавиться

Помимо болезненных ощущений, заеды доставляют много дискомфорта. Появление трещин в уголках рта могут сигнализировать о неполадках со здоровьем и требуют своевременного лечения. О причинах этого состояния, а также об эффективных способах лечения — узнайте далее в нашем материале.

Под заедами подразумеваются маленькие ранки в уголках рта. Они могут спровоцировать воспаление подчелюстных лимфоузлов, появление зуда и шелушения в области пораженных и окружающих участков. 

                Причины появления трещин в уголках рта

Непосредственными причинами образования заеды в уголках рта являются бактерии. Человек, будучи здоровым, может все равно получить раздражительные пузырики.

Вызвать заеду могут лишь несколько видов микроорганизмов — стрептококковая и грибковая инфекция. Из первой группы наиболее активным при заедах является эпидермальный стрептококк, из второй — грибы дрожжеподобного типа из рода кандида.

                                          О чем говорит заеда

Есть несколько факторов, которые приводят к образованию заед. Среди бытовых можно определить следующие:

• Пользование немытой посудой;
• Облизывание губ, уголков рта на морозе, когда кожа потрескана;
• Нарушение правил гигиены ротовой полости;
• Переохлаждение;
• Употребление немытых овощей и фруктов;
• Выдавливание прыщей и расчесывание кожи в зоне уголков рта.

Названы только те причины, которые не зависят от состояния здоровья. Однако заеды могут свидетельствовать также о наличии определенной болезни. Например при:

• Ослабленном иммунитете;
• Железодефицитной и других видах анемии;
• Сахарном диабете;
• Заболеваниях печени;
• Гиповитаминозах;
• Длительном повышении температуры тела.

                              Как избавиться от этой проблемы

Трещины на уголках рта невозможно предугадать, но возможно вылечить.

Если появление заед вызвано каким-то заболеванием, стоит обратиться к врачу, который выпишет медикаментозные препараты для их лечения. Но есть и народные, проверенные методы, благодаря которым можно вылечиться от данной проблемы:

1. Ушная сера. Этот способ, несмотря на свою неэстетичность, является очень действенным;
2. Возьмите листья подорожника и измельчите их до тех пор, пока не выйдет сок. В результате получится смесь, которой нужно смазывать трещинки каждые 2-3 часа. Через 2 дня от заед должен остаться только небольшой след;
3. От заед помогут натуральные масла в виде примочек или простых натираний. Хорошо действуют также масла чайного дерева, шиповника и черного тмина.
4. Для борьбы с заедами грибкового происхождения (из-за инфекций) хорошо подходит промывание ранок концентрированным содовым раствором или смесью раствора с витамином В12.
5. Бактерии и инфекции в ранке убьет сода. Смешайте столовую ложку с небольшим количеством воды, чтобы образовалась густая паста. Готовую смесь нанесите на пораженный участок и оставьте на 5 минут. После смойте, протрите чистым полотенцем и нанесите увлажняющий крем. Повторяйте процедуру каждых 3-4 часа.
6. Противогрибковую активность проявляет чеснок, который содержит соединение под названием аллицин. Применять его как раз можно для лечения заед, а также зуда и связанного с ними воспаления. Раздавите 2 зубчика, нанесите эту пасту на заеду и оставьте на 5-10 минут. Смойте и увлажните. Повторяйте процедуру каждых 4 часа.
7. Благодаря своим противогрибковым и антисептическим свойствам мед является отличным средством от заед. Нанесите его на пораженный участок и оставьте на 15-30 минут. Смойте и промокните заеду, чтоб она была сухой. Повторяйте процедуру каждый 3-4 часа.
8. Побороть симптомы также поможет питье воды с лимоном. Присутствие витамина С в лимоне делает его естественным укрепителем иммунитета, который прогонит инфекции и бактерии.
9. Еще одно средство для борьбы с заедами — кокосовое масло. Во-первых, оно противограбковое, а во-вторых, это хороший увлажнитель, который быстро приведет вашу ранку в норму. Кокосовое масло нужно нанести на заеду и оставить на минут 30-40 перед тем, как смыть.

Важно отметить, ни в коем случае нельзя наносить на инфекционный участок корректор, консиллер, тональный крем и уж тем более помаду. При смывании средства можно разнести «заразу» по всему лицу.

Читать также»Акне — это болезнь, и лечить ее должен врач-дерматолог»: все о борьбе с акне, аппаратной терапии, постакне

Также вам может быть интересно, как убрать носогубные складки.

Основные заболевания слизистой оболочки полости рта

Слизистая оболочка полости рта защищает ткани от повреждений, проникновения микроорганизмов и токсических веществ. А наличие множества капилляров, которые просвечивают через эпителии, придают ей привычный нам розовый цвет.

Структура слизистой оболочки ротовой полости на разных её участках отличается, — на участках, где механические нагрузки значительны, эпителий является ороговевающим, а на участках, где от тканей требуется большая гибкость, покрыты неороговевающим эпителием. Спинка языка покрыта эпителием, состоящим из ороговевающего и неороговевающего эпителия.

Ороговевающий эпителий содержит четыре слоя: базальный, шиповатый, зернистый и роговой.

Неороговевающий эпителий вместо зернистого слоя содержит промежуточный слой, а вместо рогового — поверхностный слой.

На слизистой оболочке ротовой полости, глотки и надгортанника расположены вкусовые почки — органы вкуса человека. Клетки, образующие вкусовую почку, являются видоизмененными эпителиальными клетками, часть из них, лежащие на вершине почки, представляют собой рецепторы вкуса. Частички пищи, растворенные в слюне, вступают в контакт с рецепторами вкуса, проходя через небольшие отверстия в эпителии слизистой оболочки — вкусовые поры.

Профилактика и лечение заболеваний слизистой никогда не теряют актуальности, из-за высокой распространенности данной патологии.

В зависимости от локализации очага воспаления различаютстоматит, глоссит, гингивит, пародонтит и другие заболевания.

Прежде всего необходимо устранение местных и общих факторов, ведущих к патологическим процессам в полости рта. Причиной поражения слизистой может оказаться системное заболевание, в таких случаях назначается специфическая терапия

Практически не существует патологии, которая не отражалась бы на состоянии слизистой рта.

При этом сходство клинического проявления в полости рта различных по этиологии и патогенезу заболеваний, способствует трудностям при постановке окончательного диагноза. Изучение сочетанных поражений кожи, внутренних органов, слизистой рта, их связь с общей патологией необходимо врачу для правильной постановки диагноза. Существует взаимосвязь большинства патологических процессов, протекающих между слизистой рта и красной каймы губ и различных органов и систем организма, поэтому именно поражения слизистой рта зачастую являются первыми признаками нарушения обмена веществ, а также различных общесоматических заболеваний.

Во всех случаях обязательна тщательная гигиена и санация полости рта.

При кандидозе используют противогрибковые средства, при бактериальной инфекции – антибиотики. При обширных болезненных поражениях назначают полоскания полости рта. Иногда требуется врачебное вмешательство: удаление зубного камня, замена пломб, оперативная пластика преддверия полости рта и уздечки.

Наиболее распространенные заболевания полости рта:

Стоматит — воспаление слизистой оболочки полости рта.

Симптомы — воспаление и крайне неприятные ощущения в ротовой полости (жжение, сухость), иногда заболевание сопровождается температурой .

В первую очередь нужно определить причину возникновения стоматита (в этом вам поможет врач-терапевт) и начать её устранять. Лечение стоматита народными средствами, такими, как полоскание с содой, поможет лишь снять симптомы, но не избавит вас от заболевания, и стоматит появится вновь.

Стоматит обязательно нужно лечить, он не проходит сам по себе со временем.

Глоссит — воспаление слизистой оболочки языка.

Чаще всего воспаляется только слизистая оболочка язы­ка, но при глубоких травмах языка в толще мышц может разви­ться гнойное воспаление с отеком языка, на­рушением глотания и высокой температурой тела, иногда образуется абсцесс.

Воспаление слизистой оболочки языка часто провоцирует развитие многих заболеваний. Чаще глоссит протекает в катаральной форме: язык слегка отечный, слизистая оболочка красная, ощуща­ются саднение и болезненность.

Часто необходимо общее обследование боль­ного для выявления заболевания внутренних органов, вызвавших воспаление слизистой оболочки языка. Поэтому важно вовремя обратиться к стоматологу, выполнять все его назна­чения. Самостоятельное лечение чревато ос­ложнениями.

Симптоматическое лечение проводят стоматоло­г и физиотерапевт, назначаются консультации и лечение у соответствующих специалистов – гастроэнтеролога, эндокринолога, гематолога.

Гингивит — это воспаление десны, сопровождаемое отеком, покраснением и кровоточивостью.

Это довольно распространенное заболевание. Различают острую, хроническую и рецидивирующую форму болезни.

Наиболее частой причиной гингивита является несоблюдение гигиены полости рта, в результате чего образуется зубной камень. Также в возникновении гингивита играют роль такие факторы, как патология прикуса, неправильно наложенные или устаревшие пломбы, ротовое дыхание.

Гингивит чаще встречается у подростков и беременных в связи с гормональными изменениями в организме.

Гингивит может быть и признаком системного заболевания (например, герпеса, аллергии, авитаминоза, лейкопении, истощающего заболевания, сахарного диабета).

Так же длительное применение некоторых препаратов, например, оральных контрацептивов, может усилить воспалительные явления в десне.

Симптомы гингивита — десна воспаляется, возникает отек, изменяется ее контур. Из-за отека углубляется десневая борозда между зубом и образуется так называемый десневой карман. В результате возникает покраснение десневого края, отек и кровоточивость десны, десна становится чувствительной и болезненной, наблюдаются трудности при жевании и глотании.

Лечение гингивитов заключается в воздействии на зубные бляшки, устранении местных и общих предрасполагающих факторов и должно проводиться только врачом-стоматологом. Иногда требуется значительное врачебное вмешательство: тщательное удаление зубного камня, замена и шлифовка нависающих на десну или плохо подогнанных пломб, в некоторых случаях необходимо хирургическое вмешательство.

Гингивит часто свидетельствует о снижении собственных защитных сил организма, поэтому лечение должно быть направлено не только на ликвидацию воспалительного процесса, но и на повышение иммунитета. 

Препараты группы иммунокорректоров активизируют защитные силы слизистой оболочки полости рта и способствуют усилению фагоцитарной активности (фагоцитоз — захват и обезвреживание бактерий клетками иммунной системы), увеличению содержания в слюне особого фермента — лизоцима, известного своей бактерицидной активностью, стимуляции и увеличению числа иммунокомпетентных клеток, ответственных за выработку антител.

Для успешной профилактики гингивитов достаточно ежедневно удалять зубные бляшки с помощью зубной пасты и флоса, регулярно проходить обследование и производить профессиональную чистку зубов у стоматолога каждые 6 месяцев.

Хейлит — воспаление красной каймы слизистой оболочки или кожи губ

Обычно развивается при травме и трещинах губ, вследствие ожога, при длительном пребывании на солнце или на морозе в ветреную погоду.

Хейлит грибковый сочетается с грибковым поражением слизистой оболочки рта, но может возникать и изолированно на красной кайме губ, обычно у пожилых. При длительном существовании грибковой заеды на коже губ могут развиваться диффузная краснота, шелушение, небольшая отечность, мелкие трещинки. Картина напоминает обычную экзему.

Хейлит катаральный

Воспаление красной каймы губы, возникаю­щее под действием биологических, механических, химических, физи­ческих раздражителей, иногда из-за повреждения во время врачеб­ных манипуляций.

Клиническая картина. Появляются очаги гиперемии с последующими деструктивными нарушениями в виде эрозии, язв. Ха­рактерны отек, слущивание эпителия.

Лечение хейлита

Задача лечения хейлита у стоматолога состоит в нормализации стереотипа смыкания губ. Внешним признаком физиологической архитектоники является равенство ширины собственно красной каймы верхней и нижней губы, то есть смыкание — по линии, разграничивающей слизистую оболочку и красную кайму.

Комплекс терапии хейлита включает в себя:

• нормализацию носового дыхания путем устранения привычки дышать через рот или путем лечения заболеваний носоглотки
• исправление аномалий прикуса
• миотерапию для восстановления нормального тонуса круговой мышцы рта

Стоматологи рассказали о признаках коронавирусной инфекции

Бразильские ученые выявили новые симптомы COVID-19. Выяснилось, что заболевание может вызывать стоматологические проблемы. В частности речь идет о язвах, бляшках, грибковых инфекциях полости рта и трещинах. Врачи убеждены, что в связи с новыми данными стоматологический осмотр необходимо включить в список исследований при диагностике коронавируса. Российские стоматологи рассказали «Газете.Ru», почему возникают подобные повреждения и можно ли от них защититься.

Медики из лаборатории оральной гистопатологии факультета здравоохранения Бразильского университета обнаружили, что коронавирусная инфекция может проявляться у некоторых пациентов в виде различных поражений ротовой полости.

Так, признаками COVID-19 могут оказаться язвы, кандидоз полости рта (одна из разновидностей грибковой инфекции, — «Газета.Ru»), петехия (точечные кровоизлияния в виде красных бугорков, — «Газета.Ru») и увеличение лимфоузлов.

К такому выводу бразильские ученые пришли после того, как выявили возникновение язв, бляшек и трещин на языке пожилого пациента, заразившегося коронавирусом. Кроме того, врачи заявили, что среди оральных симптомов коронавируса может встречаться расстройство вкуса.

«Больные характеризуют прием пищи как «жевание мыла, ваты», — уточнила в разговоре с изданием «Известия» заведующая кафедрой терапевтической стоматологии Первого МГМУ им. И.М. Сеченова Ирина Макеева.

Медики убеждены, что в связи с обнаружением новых данных стоматологический осмотр необходимо включить в список исследований для диагностики COVID-19. Об этом они написали в научном журнале International Journal of Infectious Diseases.

«Следует подчеркнуть актуальность стоматолога как части междисциплинарной команды по поддержке критически важных пациентов в отделениях интенсивной терапии», — говорится в статье. Кроме того, необходимо обеспечить стоматологическое наблюдение после выписки пациента из больницы, считают медики.

С иностранными коллегами согласны и российские стоматологи. По мнению дантиста, главврача клиники Dr.Minko Dental Clinic Вячеслава Минко, поражения слизистой рта могут являться значимыми признаками COVID-19. Их возникновение обусловлено ослаблением иммунитета организма, считает врач.

«Это такой своеобразный ответ иммунной системы. Организм некоторых людей может реагировать подобным образом», — подчеркнул он в разговоре с «Газетой.Ru», добавив, что такие последствия свойственны не только коронавирусу, но любым вирусным заболеваниям.

В свою очередь Ирина Макеева сообщила изданию «Известия», что на данный момент в России не было выявлено специфических для COVID-19 стоматологических симптомов. И все же, по ее мнению, у заболевших могут возникнуть такие признаки из-за общего воздействия инфекции на организм.

«Это просто проявление коронавируса на оболочке рта. Это не отличительная особенность COVID-19. Полость рта восприимчива к инфекциям, так как это слизистая, а слизистая — идеальное место для распространения бактерий и, следовательно, размножения вирусов», — также обратил внимание Минко.

Как рассказала «Газете.Ru» стоматолог, главврач клиники «Личный Доктор» Татьяна Шульгина, особенно характерными для снижения иммунитета являются такие симптомы, как трещины и заеды. «Такие признаки могут быть вторичными симптомами проявления коронавирусной инфекции. И мы таких пациентов действительно отправляем на ПЦР-диагностику (анализ на коронавирус, — «Газета.Ru»)», — отметила она.

Кроме того, медик заявила, что и препараты, которые применяются при лечении коронавируса, могут явиться факторами возникновения соответствующих симптомов.

Макеева также сообщила «Известиям», что мочегонные, противоаллергические и понижающие давление лекарства могут приводить к ощущению сухости во рту.

«Кроме того, к опасным для полости рта лекарствам относятся антибиотики. Их прием, особенно длительный, нарушает баланс микрофлоры, что может стать причиной развития оральных повреждений»,

— подчеркнула в разговоре с изданием гендиректор Немецкого дентального имплантологического центра Марет Хашиева.

Она также отметила, что люди со стоматологическими проблемами относятся к группе риска в плане заражения коронавирусом. В частности, среди заболеваний, которые повышают риски инфицирования, по словам Хашиевой, можно выделить различные виды стоматитов, гингивит (воспаление десен, — «Газета.Ru») и пародонтит. Что касается кариеса, то сам по себе он не является «воротами» для инфекции, но иммунитет в любом случае будет «отвлекаться» на такие поражения, что неизбежно ослабит защитные силы организма.

«Если уже заболел коронавирусом, человек никак себя защитить от оральных симптомов не сможет. Каждый организм индивидуален, и как болезнь будет проявлять себя в том или ином случае, предугадать невозможно. Можно посоветовать лишь повышать иммунитет — за счет продуктов или специальных препаратов, которые подберет лечащий врач», — заключила в разговоре с «Газетой.Ru» Татьяна Шульгина.

Лечение стоматита у взрослых — причины, симптомы, виды

Появление язвочек во рту, воспаление слизистой оболочки — признаки стоматита. Заболевание имеет воспалительный характер. Возникает вследствие иммунного ответа на внешние раздражители, чаще болезнетворные микроорганизмы. Важно своевременно проводить адекватное лечение, выявлять и устранять причины. Если болезнь не лечить, то она может перейти в хроническую форму, негативно влиять на здоровье зубов, органов дыхания. Распространенное осложнение после стоматита — присоединение вторичной инфекции.

Причины развития

Стоматит часто возникает у людей с пониженным иммунитетом и нарушенной микрофлорой. Если одновременно наблюдаются 2 этих состояния, то даже условно-патогенные микроорганизмы способны вызвать сильнейшие воспалительные процессы. На развитие заболевания также влияют много других факторов.

Воспаление слизистых рта может возникнуть в следующих случаях:

• механические, химические, термические травмы — ожег горячей, ранение твердой пищей, прикус щеки и т. д. приводит к повреждению тканей, проникновению и распространению инфекции;
• неполноценное питание, нехватка витаминов, особенно С, группы В, минералов — цинка, железа и других;
• несоблюдение правил гигиены, употребление немытых свежих ягод, овощей, фруктов, грязные руки во время еды;
• лечение лекарствами, уменьшающими слюноотделение, антибиотиками, которые уничтожают полезную микрофлору, рядом других медикаментов;
• частая чистка зубов пастой с лаурил сульфат натрием приводит к снижению секреции слюны, сухости слизистых, которые становятся более восприимчивы к агрессивным веществам;
• некачественное протезирование, лечение зубов из-за чего постоянно травмируются десна;
• курение, употребление алкоголя;
• обезвоживание организма при длительной диарее, рвоте.

Стоматит часто возникает при беременности из-за нарушения гормонального фона. В группе риска пациенты с заболеваниями сердца, сосудов, органов ЖКТ, патологиями иммунной, эндокринной систем, имеющие глистную инвазию. При сахарном диабете диагностируют афтозную форму. Люди, применяющие ингаляторы с гормонами для купирования приступов бронхиальной астмы, страдают от кандидозного вида болезни.

Для ответа на вопрос стоматит заразен или нет необходима дифференциальная диагностика. Бактерии вирусы, грибы Кандида могут передаваться от человека к человеку. Наиболее заразной считается вирусная форма патологии. Однако при хорошем иммунитете инфекция не обязательно получит развитие. Также важно как передается стоматит. Если это прямой контакт, например, поцелуй, то риск заболеть выше.

Симптомы заболевания

Симптоматика зависит от вида патологии, но есть общие клинические проявления. Как правило, болезнь начинается не остро. Слизистые становятся красными, в области очага поражения появляется припухлость, болезненность, чувство жжения. Как выглядит стоматит можно посмотреть на фото.

Если это бактериальная инфекция, то через день в месте заражения возникает язвочка и с красным ореолом, расходящимся от центра. Язва покрыта белым налетом. В этот период повышается слюноотделение, появляется неприятный запах. Боли беспокоят больного не только при употреблении пищи, но и в состоянии покоя.

Прыщики и язвочки появляются в любом месте ротовой полости, в тяжелых случаях развивается стоматит в горле. Особенно болезненно воспринимается стоматит на языке, так как там много нервных окончаний. Некоторые виды характеризуются кровоточивостью десен.

При дальнейшем развитии патологии может повышаться температура, увеличиваться лимфоузлы, появляться симптомы интоксикации — слабость, тошнота, отсутствие аппетита. 

Виды стоматита

Заболевание имеет широкую классификацию, в который выделены характер течения, причина возникновения, особенности клинической картины.

Патология бывает острой и хронической. Если симптоматика ярко выражена, присутствуют отечность, краснота, боль, язвы, кровоточивость — это острый стоматит. Сколько длится эта фаза зависит от формы заболевания. Обычно длительность острого периода не превышает двух недель.

Если болезнь не лечить, наступает ремиссия, либо хронизация воспалительного процесса. При хронической форме симптомы маловыражены, обнаружить болезнь можно лишь в периоды обострения.

Медикаментозный стоматит

При повышенной чувствительности, непереносимости компонентов лекарств появляются характерные симптомы заболевания: пузырьки, эрозии, отек, краснота зева, языка, неба, жжение, плотный белый налет. В списке медикаментов, вызывающих воспаление слизистых,  часто встречаются антибиотики, йод, барбитураты, новокаин, сульфаниламиды.

Травматический стоматит

Воспалительные процессы развиваются на фоне травмы тканей предметами, химическими веществами, горячей пищей и т. д. Стоматит на десне обычно возникает из-за травмирования неровным краем зуба, протезом. В ранку проникают бактерии и она воспаляется. Характерны симптомы катаральной формы.

Бактериальный стоматит

Возникает при поражении слизистых стафилококками и стрептококками. Характеризуется появлением гнойничков, которые при вскрытии преобразуются в эрозийные очаги.

Афтозный стоматит

Может проявляться остро или иметь слабо выраженные симптомы. Появляются небольшие пятна до 5 мм округлой формы — афты с четко выраженными границами, покрытые сероватым налетом. Пятнышки могут быть единичными или множественными. При остром течении повышается температура тела, увеличиваются лимфоузлы. Среди факторов риска — сахарный диабет, пониженный уровень иммунитета, аутоиммунные патологии, болезни органов ЖКТ, особенно толстого кишечника. В хронической форме проявляется бессимптомно, вялая симптоматика наблюдается при обострении.

Катаральный стоматит

Диагностируется чаще других форм. Характеризуется не яркими симптомами: покраснением, припухлостью, кровоточивостью десен. Возникает по причинам плохой гигиены полости рта, снижения иммунитета, травм. Может быть осложнением других заболеваний — гриппа, патологий органов пищеварения, болезней крови, авитоминоза, эндокринных нарушений.

Лучевой стоматит

Является первым симптомом лучевой болезни. Характеризуется сильной сухостью во рту, точечными кровоизлияниями на слизистых и под ткани, расширением зубодесневых карманов, отеком языка, десен, неба. Запущенный стоматит этой формы проявляется некротическими очагами, сильным запахом изо рта, грязной слюной с кровянистыми прожилками. Даже после лечения могут возникать рецидивы. На месте травмированных тканей остаются рубцы.

Язвенный стоматит

Является следующей стадией после катарального вида. Симптоматика усиливается, появляются язвы, плотный налет, сильная боль. Лимфоузлы увеличиваются, в крови повышается концентрация лейкоцитов. В группе риска пациенты, имеющие болезни желудочно-кишечного тракта.

Кандидозный стоматит

Грибковые инфекции практически всегда имеют длительное течение. При молочнице на щеках, языке небе, губах появляется белый плотный налет, сопровождающийся гиперемией и синюшностью слизистых. При фугонозной форме наблюдается выраженная отечность, эрозии, пенистый налет. Также выделяют ангулярный стоматит, при котором грибки поражают углы губ (заеды). Стоматит на губе может быть грибковым или вирусным.

Герпетический стоматит

Развивается из-за деятельности вируса герпеса. Во рту и на губах можно увидеть пузырьковые высыпания с прозрачной жидкостью. После того как пузырьки лопаются, на их месте появляются эрозии. 

Чем лечить заболевание

Терапия предусматривает применение препаратов местного, а иногда системного действия. Схема лечения заболевания зависит от того, какой именно вид стоматита диагностирован. По этой причине нельзя заниматься самолечением, так как оно может оказаться бесполезным и патология продолжит развиваться до опасных состояний.

Исключение составляет легкая степень катарального воспаления, связанная с нарушением гигиены. Достаточно исключить причину и несколько дней полоскать рот антисептиками.

Лечение в домашних условиях других разновидностей нужно согласовывать с врачом. Применение народных средств не противопоказано, но они могут использоваться только в качестве дополнения к основной терапии. Целесообразность и безвредность того или иного рецепта сможет оценить только стоматолог.

Эффективные препараты для взрослых

Для купирования воспалительных процессов, борьбы с патогенной микрофлорой, снятия боли назначают ополаскиватели, гели, спреи, таблетки для рассасывания, мази. При сильной боли обезболивающие медикаменты можно принимать перорально. Так как лечение нужно проводить регулярно, важно подобрать лекарство от стоматита, которое будет удобно носить в сумочке и применять на работе.

Популярные лекарственные средства:

1. Хлорофиллипт, Ингалипт, оказывающие антисептическое действие. Выпускаются в виде спреев. Применяют до 5 раз в сутки на протяжение одной недели. Спреи удобно применять, если стоматит на небе, горле.
2. Солкосерил ускоряет регенерацию тканей, восстанавливает слизистые, предохраняет от развития язв. Гель наносят несколько раз в день. Курс от 7 до 14 дней.
3. Холисал действует губительно на бактерии, снимает воспаление, улучшает заживление тканей. Гель используют трижды в день не менее недели. Аналог препарата — Камистад. Отлично помогает при афтозной, бактериальной форме болезни.
4. Виферон, Ацикловир назначают пациентам с вирусной инфекцией. Мазь от стоматита во рту наносят на очаги воспаления несколько раз в день. Курс терапии до 2 недель.
5. Лидокаин Асепт, Лидохлор применяют при любой форме патологии, так как основное назначение — снятие острой боли. Выпускают в виде спрея. Можно применять до четырех раз в сутки, не более 1 недели.
6. Люголь убивает бактерии, лечит язвы, купирует воспалительные процессы. Полость рта обрабатывают спреем 2 — 3 раза в день.
7. Миконазол, Нистатин назначают при грибковой инфекции. При тяжелом течении заболевания мазь используют в комплексе с системными препаратами. Наносят на пораженные участки от 2 до 4 раз в сутки.

Любое медикаментозное средство от стоматита должен выписывать врач. Симптомы разновидностей заболевания схожи и самостоятельно разобраться в причине воспалительных реакций невозможно.

Чем можно полоскать рот 

Для лечения патологии можно применять аптечные препараты, направленные на уничтожение бактерий, купирование воспаления и заживление тканей. 

Лекарственные растворы, которые можно купить в аптеке:

• Аквалор с морской солью;
• Стоматофит, Доктор Тайсс Шалфей на основе шалфея;
• Ромазулан с экстрактом ромашки;
• Хлоргексидин (предварительно разводится с водой).

Отвары, настои для полоскания легко приготовить в домашних условиях из ромашки аптечной, календулы, сока алоэ, облепихи, цветков липы и других лекарственных растений. Хорошо помогает раствор соли с содой.

Профилактика 

В ротовой полости любого человека присутствует условно-патогенная микрофлора, которая может активизироваться при снижении иммунитета. По этой причине важно вести здоровый образ жизни, хорошо питаться, лечить болезни.

Необходимо соблюдать правила гигиены. Не кушать грязные овощи, мыть руки перед едой, регулярно заменять зубные щетки.

Для лиц, предрасположенных к заболеванию, следует исключить любые травмы слизистых рта. Нельзя употреблять обжигающую, твердую пищу, острые приправы. Если появилась ранка нужно сразу же обработать ее антисептиком.

Обязательно проводить своевременное лечение стоматологических и ЛОР болезней. Хронические заболевания, запущенный кариес — источники инфекции.

Цены на лечение  

В нашей клинике лечат стоматит у взрослых и детей. Мы проводим процедуры с применением эффективных, безопасных препаратов, даем рекомендации по уходу за полостью рта в домашних условиях. 

Стоимость лечения зависит от вида, запущенности патологии, количества сеансов, цены препарата, дополнительных услуг. Цены согласуются с пациентом до начала процедур.

Интернет сходит с ума после того, как фотография Sqirl’s Moldy Jam становится вирусной

Известный на всю страну ресторан Virgil Village Sqirl подвергся критике в минувшие выходные после того, как в социальные сети попали сообщения о сомнительной практике обращения с едой и жестоком обращении с сотрудниками. Владелец Джессика Кослоу провела, по крайней мере, часть выходных, защищая свое мега-популярное дневное заведение, известное своими тостами, джемами, рисовыми мисками с соусом песто из щавеля и длинными очередями, даже во время пандемии, от онлайн-заявлений о том, что широко известные джемы компании не хранились должным образом, что приводило к образованию толстых слоев плесени на открытых контейнерах.Сообщается, что сотрудникам было приказано соскрести плесень перед тем, как подавать ее в ресторане. В конце концов Sqirl отключил комментарии к своим постам в Instagram, и, похоже, аккаунт заблокировал нескольких бывших сотрудников в социальных сетях.

Первый раунд раскрытия информации о Sqirl произошел из историй Instagram пользователя Джо Розенталя. Там Розенталь поделился скриншотами прямых сообщений, которые якобы были отправлены бывшими сотрудниками, обсуждающими различные вопросы, связанные с Sqirl, в основном сосредоточившись на больших кадках с домашним вареньем, которые часто оказывались покрытыми плесенью после того, как оставались открытыми в холодильнике. .Некоторые пользователи утверждали, что вся зона производства и хранения джема на самом деле была нелицензионным пищевым объектом, который Кослоу скрывал от инспекторов Департамента общественного здравоохранения, добавляя, что рабочие будут «заперты в темноте» внутри нелицензированной зоны, если они уже были внутри, когда инспектор явился без предупреждения.

Вскоре после того, как был опубликован первый раунд DM и скриншотов, кто-то анонимно прислал изображение, на котором якобы изображен контейнер для джема от Sqirl с толстым слоем сломанной плесени наверху.

Информация распространилась в социальных сетях так быстро, что в какой-то момент Sqirl была одной из 15 самых популярных тем в Твиттере по всем Соединенным Штатам, что вынудило Козлоу ответить в социальных сетях. Сотрудники рассказали, что сама Кослоу специально просила их просто соскрести плесень с варенья и закопать на пару дюймов ниже, чтобы достать свежее варенье.

Ее ответ, опубликованный в социальных сетях Sqirl, включал фотографию части хранилища джема (см. Ниже).

Далее в заявлении говорится:

Все производство джемов — для розничной торговли в банках и в ресторанах — на 100% осуществляется за пределами предприятия, на нашей кухне общественного питания, сертифицированном Департаментом продовольствия и сельского хозяйства Калифорнии предприятии по безопасности пищевых продуктов и молочных продуктов. Раньше варенье готовили на месте в Sqirl — всегда по закону и всегда с соответствующей маркировкой.

При насыпном варенье продукт разливается в тару горячим, полностью охлаждается, а затем хранится в гардеробной.В случае с этим сыпучим вареньем со временем на поверхности, с которой мы работали под руководством наставников и экспертов по консервации, таких как доктор Патрик Хайкей, иногда появлялась плесень, путем удаления плесени и нескольких дюймов ниже формы или путем полного удаления контейнеров.

Теджал Рао, калифорнийский критик газеты « New York Times », указал на признание Министерством сельского хозяйства США наличия плесени на различных продуктах, включая джемы и желе. Он гласит: «Плесень может вырабатывать микотоксин. Микробиологи рекомендуют не вычерпывать плесень и использовать оставшуюся приправу.”

В Твиттере охранник Стивен Уэйд также вмешался, сказав, что любая корреляция между плесенью на поверхности варенья и плесенью, обнаруженной на мясных закусках, «в корне неверна, добавив:« Я тихо злюсь, потому что владельцу должно быть лучше. Джессика была в первой когорте MFP (главный консервант пищевых продуктов) в Лос-Анджелесе, и хотя мы согласны с тем, что информация Министерства сельского хозяйства США консервативна, точка зрения на безопасность пищевых продуктов не подлежит обсуждению … Это черный глаз для () более широкого мелкого производства продуктов питания сообщества, препятствует лучшей поддержке некоммерческих консервных продуктов и лучшему регулированию для мелких производителей.Я понимаю, что хочу срезать некоторые нормативные требования … но это не то «.

Бурный поток активности в социальных сетях также включал дальнейшее обсуждение проблем, которые бывшие сотрудники имели с Кослоу как оператором, некоторые из которых возникли несколько лет назад. Многие, в том числе Риа Долли Барбоза (теперь из Petite Peso), бывший шеф-повар Хавьер Рамос и бывший кондитер Элиз Филдс, публично заявили, что Кослоу заимствовал рецепты, которые они создали, и использовал их для получения национального кулинарного признания и подписать сделку с несколькими единицами поваренной книги, не возвращая сотрудников, которые изначально придумали это блюдо.Вторая кулинарная книга Козлоу, по иронии судьбы описывающая процесс приготовления джема, должна быть выпущена в конце этого месяца.

Sqirl вновь открылся после перерыва для перегруппировки во время пандемии коронавируса. По соседству также открылся бизнес по продаже упакованных продуктов на вынос, Sqirl Away. Eater обратился к Козлову за дальнейшими комментариями, но пока не получил ответа.

Подпишитесь на Новостная рассылка Пожиратель Лос-Анджелеса

Подпишитесь на нашу рассылку новостей.

Скандал

Sqirl’s Moldy Jam охватывает Интернет

В прошлом году газета New York Times спросила Sqirl из Лос-Анджелеса и его основательницу Джессику Кослоу: «Сможете ли вы построить империю из варенья?» Sqirl является синонимом классной, вдохновляющей и белой версии Лос-Анджелеса. Это эпицентр «чистой» комфортной еды, где подают зерновые миски с яйцами и щавелем, тосты с авокадо, напитки с куркумой и знаменитые тосты с джемом из рикотты, которые Меган Маккаррон из Eater описала как «съедание гигантского кусочка торта, но сытное блюдо». один, как сладкий и сытный детский завтрак.”

Во многом это удовольствие зависит от репутации Козлоу как мастера по приготовлению джема. Но на выходных распространились обвинения, изображающие грязную нездоровую кухню, заполненную ведрами фирменного продукта Sqirl, покрытыми плесенью.

Обвинения были собраны Джо Розенталем в Instagram, и многие из них исходят от людей, которые, похоже, являются бывшими сотрудниками Sqirl. Как и во многих других ресторанах в последние недели, вызов, похоже, начался после того, как Sqirl опубликовал сообщение о пожертвовании прибыли на цели борьбы с расизмом.Начали накапливаться комментарии относительно того, как Sqirl участвовала в джентрификации своего района, и об отсутствии разнообразия среди сотрудников Sqirl. Затем люди, которые, казалось, работали в Sqirl, обвинили ресторан и производителя варенья в том, что они регулярно подают варенье, на котором образовалась плесень. «Мы говорим о некоторых ведрах, у которых есть примерно ¹ ⁄ ₄ дюймов формы, покрывающей всю верхнюю часть ведер на галлон», — говорится в одном из сообщений. Бывшие сотрудники утверждают, что сама Кослоу приказала им просто соскрести плесень перед подачей на стол.

Помимо недоразумений относительно того, почему варенье, также известное как консервы , могло так быстро образовывать плесень, бывшие сотрудники также утверждают, что Кослоу намеренно спрятал заплесневелый варенье от инспекторов здравоохранения. По крайней мере, один человек утверждает, что это произошло потому, что на вентиляторе в складском помещении была плесень, из-за которой споры рассыпались по открытым ведрам. Но также сотрудники говорят, что им неоднократно говорили, что служить можно. «Нам сказали, что департамент здравоохранения разрешил нам вычерпывать плесень, если она опускалась на два дюйма вниз», — сказал один из бывших сотрудников.Другие говорят, что их попросили спрятать пробку, пока инспекторы не уйдут. Все это кажется намного большей работой, чем приготовление варенья, которое вообще не плесневеет.

Джо Розенталь Джо Розенталь

Sqirl ответил на обвинения в Instagram, заявив, что, поскольку он не использует коммерческий пектин, стабилизаторы или много сахара, «варенье с низким содержанием сахара более восприимчиво к росту плесени.Он также утверждает, что подавал варенье, которое было заплесневелыми партиями, но это было сделано «под руководством наставников и экспертов по консервации, таких как доктор Патрик Хики», миколог, который ранее сказал Би-би-си, что есть заплесневелое совершенно безопасно. варенье, если соскрести его.

Площадь

Болезненное ликование по поводу убийства Sqirl знакомо любому, кто любил смотреть, как эта идеальная, неприкасаемая девочка в старшей школе, наконец, обнаружила недостаток: в Интернете много хвастовства тем, что она никогда не любила Sqirl, размышления его владельцы были претенциозными, суетливыми джентрификаторами, прежде чем ненавидеть их было круто.Но что делает эту историю настолько вирусной (или спорной), так это то, что место, которое построило свой бренд не только на джеме, но и на доброте «настоящей» еды, подвергается критике именно из-за того, что якобы делает лучше всего. До сих пор никто не утверждал, что заболел джемом Sqirl, но это шокирует и отвратителен, и позволяет всем, кто никогда не публиковал искусно освещенную фотографию тоста с джемом или очереди в конце квартала, почувствовать себя невероятно самодовольным.

Эй, смотрите! Я зажарил яйцо и положил авокадо на тосты — и для этого мне не нужно было платить 20 долларов Sqirl и вносить свой вклад в джентрификацию.pic.twitter.com/GVwFCMs6wT

— Кэт Би (@katbeee) 13 июля 2020 г.

— это круто, потому что любой, кто платит дополнительно 2 доллара за сироп на один кусок тоста за 14 долларов, заслуживает смерти от крысиного дерьма и отравления плесенью pic.twitter.com/FIkPNi1WUa

— Germaphobe Sean (@GermaphobeSean) 13 июля 2020 г.

Я ненавижу, насколько сильно твиттер весит контент из Лос-Анджелеса, почему я теперь ненавижу ресторан под названием Sqirl за продажу заплесневелого джема? Я в Нэшвилле, штат Теннеси, мы делаем здесь свое собственное варенье, кто вы такие, люди

— Марк Джи (@mac_gere) 12 июля 2020 г.

Ха-ха, я был в Sqirl, где так много людей говорили, что всегда ненавидели это сейчас…. это здорово, что вы когда-то любили и платили за то, что в итоге оказалось несовершенным!

— Эмили Йошида (@emilyyoshida) 13 июля 2020 г.

В то время как варенье, безусловно, является визуальным шоком, многие другие обвинения против Скирла и Кослоу касаются создания ауры прогрессивности при несправедливом обращении с цветными сотрудниками. Хавьер Рамос, бывший шеф-повар Sqirl, опубликовал в своих историях в Instagram снимок экрана с комментарием, который он оставил в другом аккаунте Instagram, в котором утверждалось, что Кослоу «взял на себя кредит» за свою работу и что он «не получил признания или оплаты за рецепты, которые я внес в кулинарную книгу.Риа Долли Барбоса также отметила, что Кослоу «получила признание за первые два года, когда я был ее шеф-поваром», и сказала, что тосты с джемом были изобретением шеф-повара Мэтта Уилсона, а не Кослоу. (Ни Кослоу, ни Скирл не прокомментировали эти утверждения.)

Риа Долли Барбасоа

Помимо негативной реакции в Интернете, Sqirl, похоже, испытала одно ощутимое последствие этого разоблачения. Diaspora Co, экологически чистая компания по производству специй, известная своей куркумой одного происхождения, опубликовала заявление о своем недавнем сотрудничестве с Sqirl.«После часов разговоров с сотрудниками Sqirl (нынешними и бывшими), разоблачения плесени и нескольких сложных встреч с руководством Sqirl мы пришли к выводу, что это сотрудничество было ошибкой». Компания надеялась, что сможет выделить фермеров BIPOC (чернокожих, коренных и цветных), но решила, что «сотрудничество дало Sqirl еще один модный маркетинговый импульс». Компания удалила оставшиеся банки со своего сайта и предлагает возмещение.

Вполне возможно, что отрицательная реакция плесени будет продолжать доминировать в кулинарном дискурсе: для большинства людей, которые не были в Sqirl, довольно забавно, что «прибрежные элиты» были уличены в подхалимстве над заплесневелым вареньем — но проблемы может также пойти глубже, чем неправильные методы охлаждения варенья.Ресторан еще не подтвердил никаких заявлений о жестоком обращении со стороны бывших поваров.

Подпишитесь на Подпишитесь на рассылку новостей Eater

Самые свежие новости из мира продуктов питания каждый день

Плесень? В моем модном кустарном варенье?

Фотограф: Кайл Гриллот / Bloomberg через Getty Images

Еда На этих выходных Твиттер думал о двух вещах: мемы о пирогах и заплесневелое варенье.

С момента открытия в 2011 году лос-анджелесский ресторан Джессики Кослоу Sqirl получил положительные отзывы за его «новую калифорнийскую кухню» и домашние джемы (в том числе от MUNCHIES). «Для определенной группы приезжих (меня), — писала Мэриан Булл для Eater в 2016 году, — еда там стала символом всего, что определяет сейчас наиболее стереотипно буржуазные представления о современном образе жизни Лос-Анджелеса. » Ни одно путешествие в Sqirl не будет полным без доказательства его тоста в Instagram: толстого хлеба, покрытого облаком из рикотты, и ярких мазков фирменного джема небольшими партиями.Варенье Sqirl — тема поваренной книги, которая выйдет на следующей неделе, но после недавних обвинений теперь это также центр микробных споров.

В серии историй Instagram под названием «Грибок» ученый и самопровозглашенный «пищевой антагонист» Джо Розенталь поделился претензиями против Sqirl, скриншоты которых были распространены в Twitter. В свидетельствах нынешних и бывших сотрудников утверждается, что в ресторане было отдельное пространство, скрытое от медицинских инспекторов, где варенье неправильно охлаждали и хранили с закрытыми крышками, что позволяло образовывать толстый слой плесени.Не далее как на этой неделе сотрудники якобы удалили плесень из варенья под руководством Козлоу, посчитав его «удовлетворительным для использования после того, как плесень была соскребана». (Розенталь также поделился фотографией из одного из своих источников, где видно ведро с остатками плесени от варенья.) Когда инспекторы посетили ресторан, Кослоу и ее команда якобы проинструктировали сотрудников прятаться «запертыми в этом незаконном кухонном пространстве с выключенным светом». » И вдобавок ко всему, в ресторане и в этом скрытом месте, как сообщается, была проблема с крысами и тараканами.Высококачественные джемы Sqirl продаются в розницу по цене 14-17 долларов за банку или 180 долларов за годовую подписку на варенье.

В ответ на обвинения Кослоу заявил через Instagram Sqirl, что ресторан имеет рейтинг A от департамента здравоохранения и что его джемы всегда производятся «законно и всегда имеют соответствующую маркировку». Она добавила, что низкое содержание сахара и отсутствие коммерческих пектинов или стабилизаторов в джемах — часть их первоначальной привлекательности — приводит к тому, что продукт «более подвержен росту плесени».«Сравнивая это с ростом плесени на сыре, мясных закусках (представьте: белая плесень на салями) и говядине сухого созревания, она написала, что удаление плесени и нескольких дюймов джема под ней было сделано с помощью« под руководством наставники и эксперты по сохранению ». (MUNCHIES обратился к Sqirl за комментариями и сообщит ответ, если мы его получим.) — это , принятый Министерством сельского хозяйства США для твердой салями и твердого сыра, агентство не рекомендует его для джемов и желе.«Плесень может производить микотоксин. Микробиологи рекомендуют не вычерпывать плесень и использовать оставшуюся приправу», — говорится в информационном бюллетене Министерства сельского хозяйства США «Плесень на пищевых продуктах». Точно так же официальное руководство Национального центра консервирования домашних продуктов питания — регулярно проверять домашнее варенье на предмет «роста плесени, дрожжей или посторонних запахов» и «немедленно утилизировать продукт при обнаружении каких-либо признаков порчи». По данным Университета штата Мичиган, джемы с низким содержанием сахара действительно более склонны к брожению, но все, что сброжено или заплесневело, следует выбрасывать, а не очищать.

Тем не менее, после интервью с микологом доктором Патриком Хики, которого Кослоу назвал руководящим принципом работы Sqirl, BBC в 2014 году пришла к выводу: «Фрукты обычно хранятся лучше, чем овощи, потому что кислота во фруктах сдерживает вредные бактерии. ] вы найдете на варенье, все в порядке — просто соскребите их ». (Как сказал Хикки Би-би-си, яблоки являются исключением из этого правила из-за их способности вырабатывать микотоксин патулин.)

Sqirl объявила, что изменит свои методы работы с вареньем в больших количествах, но, возможно, повредил «Грибок». сделано.Компания по производству специй Diaspora Co., которая недавно работала с Sqirl над вареньем из ревеня, приготовленным из его кардамона, отказалась от своего совместного продукта после разговоров с руководством Sqirl, бывшими и нынешними сотрудниками и вернет деньги.

Каким бы неприятным ни было заплесневелое варенье, это всего лишь слой над гораздо более обширной дискуссией. Соскребите его обратно, и сотрудники утверждают, что рабочая среда Sqirl была токсичной и оскорбительной в других отношениях, причем бывшие повара, такие как Хавьер Рамос и Риа Долли Барбоза, утверждали, что Козлоу добился большого успеха в своих рецептах.(Кослоу была недавно номинирована на премию Джеймса Берда, и ее поваренная книга 2016 года была встречена критиками.)

Кослоу также сделала непримиримые замечания по поводу джентрификации Sqirl на преимущественно латинском участке Вирджил-авеню, где он находится с 2011 года. написала в своей статье 2016 года, Кослоу приписала часть успеха Sqirl тому, что она называет его «дерьмовым уголком», где пространство стоит «два доллара за квадратный фут», но, как утверждал блог Jimbo Times только на прошлой неделе, длинные очереди и толпы Sqirl являются проявлением «еще одной белой стены, посягающей на другой район, где когда-то преобладали иммигранты», — процесса, который не удовлетворил давних жителей общины.

И снова реальность никогда не бывает такой идеальной, как может показаться в хорошо освещенном и обрезанном посте в Instagram.

ОБНОВЛЕНИЕ 13.07.20: Sqirl предоставила VICE по электронной почте следующее заявление:

«Моим клиентам и моим сотрудникам я хочу начать с извинения.

» Sqirl создавался с моей мечтой и небольшими сбережениями. Мы начали с ящиков в качестве столов и ящиков для стульев. Как и любому бизнесу, когда мы начали расти, нам требовалось больше места, поэтому в 2013 году я приобрел вторую кухню в помещении, которое сейчас называется Sqirl Away (прямо по соседству с Sqirl), и ей разрешили работать как кухню.Я подал документы и проактивно связался с Департаментом здравоохранения с просьбой о проведении проверки в 2013 году.

«Правда в том, что в то время я думал, что смогу обновить дополнительное пространство на те небольшие средства, которые я сэкономил. Но работа закончилась больше, чем я мог себе позволить, и мой банк не давал мне ссуду. Примерно в то время наша дополнительная кухня выпала из поля зрения Министерства здравоохранения, несмотря на то, что главная кухня Sqirl подвергалась регулярным проверкам. К стыду, я воспользовался их надзором и старались изо всех сил, поскольку мы использовали главную кухню Sqirl для всех заказов в ресторане, включая варенье, а вторичную кухню использовали в основном для выпечки и приготовления еды.

«Мы были на грани закрытия, но в нашей отрасли это обычное дело, и я был сосредоточен только на том, чтобы свет был включен и моя команда работала.

» До июня этого года наши джем всегда готовили на нашей кухне в Sqirl в нерабочее время, когда ресторан закрывали, а затем охлаждали и перемещали на дополнительную кухню для хранения. Для ясности: на вспомогательной кухне никогда не варилось варенье. С 2018 года Департамент здравоохранения знал о нашей вторичной кухне и конструктивно работал с нами, поскольку мы модернизировали нашу вторичную кухню, которая теперь получила оценку «А» от Департамента здравоохранения.Сегодня каждая из трех кухонь, которыми я владею и работаю — Sqirl, дополнительная кухня и наша кухня общественного питания — имеет оценку «А».

«Я серьезно отношусь к безопасности и здоровью своих сотрудников и клиентов. Все розничные варенья, которые мы когда-либо продавали, то есть варенье в банках, которое покупается у нас и в магазинах, пастеризовано и консервировано. метод «горячей упаковки», который делает практически невозможным рост плесени. Тот же рецепт используется в ресторане, но из-за того, что в джеме мало сахара, и мы не используем химикаты или консерванты, были случайные случаи, когда плесень могла развиваться на поверхность.

«Когда это произойдет, мы удалим его. Руководствуясь этой практикой, я полагался на исследования и рекомендации экспертов в области здравоохранения и, насколько мне известно, считал, что это безопасно.

« Я ем то же варенье, что и своим клиентам. , семья и друзья, и никогда сознательно не подадут еду, которая может поставить под угрозу их здоровье. Я понимаю, что был неправ, и мне очень жаль.

«Мы уже выбросили все варенье с плесенью и продолжим делать это в дальнейшем.Варенье с плесенью запрещено ни на одной из наших кухонь или в нашем ресторане. Мы применяем тот же метод «горячей упаковки», который является коммерческим отраслевым стандартом, который включает пастеризацию всего варенья, используемого в ресторане, и его хранение в стеклянных контейнерах меньшего размера — точно так же, как мы всегда поступали с нашими розничными продуктами. Мы также отправляем образцы нашего джема в независимую лабораторию Certified Laboratories, Inc. для тестирования, чтобы убедиться в его безопасности и долговечности.

«Я знаю, что потерял доверие наших постоянных клиентов, партнеров и подписчиков, и надеюсь, что мое искреннее сожаление и эти изменения демонстрируют, что я извлек урок из своей ошибки и достаточно, чтобы получить от них второй шанс.”

Черный гриб и COVID-19: что это такое и почему от него страдают некоторые пациенты в Индии?

ТОРОНТО — Поскольку Индия изо всех сил пытается сдержать массовую вспышку нового коронавируса, врачей страны предупредили, что нужно следить за редкой и потенциально смертельной грибковой инфекцией, поражающей пациентов с COVID-19 или тех, кто недавно выздоровел.

В воскресенье государственный совет по медицинским исследованиям Индии (ICMR) посоветовал врачам, лечащим пациентов с COVID-19, следить за симптомами мукормикоза или «черного грибка».”

И хотя Индия не опубликовала национальных данных о заболевании, медицинские эксперты сообщают, что в последние недели наблюдается рост случаев заболевания.

По словам Хусрава Баджана, консультанта отделения полиции Мумбаи, в западном штате Махараштра, где расположен Мумбаи, было обнаружено до 300 случаев черного грибка. Национальная больница Хиндуджи и член государственной рабочей группы по COVID-19.

П. Суреш, глава офтальмологического отделения больницы Фортис в Мулунде, Мумбаи, сообщил Reuters, что за последние две недели его больница вылечила не менее 10 пациентов от мукормикоза — в два раза больше, чем за весь год до этого.

В государственных больницах Гуджарата также зарегистрировано около 300 случаев заболевания в четырех городах штата, включая его крупнейший Ахмедабад.

И хотя мукормикоз встречается редко, и правительство Индии заявило, что в стране нет его крупных вспышек, это заболевание является нежелательным осложнением для и без того перегруженной системы здравоохранения, в которой не хватает больничных коек, кислорода и других материалов. отчаянно необходимы во время пандемии.

ЧТО ТАКОЕ МУКОРМИКОЗ?

Мукормикоз — редкая, но потенциально смертельная грибковая инфекция, вызываемая воздействием группы плесени, называемой мукормицетами.

Эти грибы могут обитать в окружающей среде и могут быть найдены в почве, растениях, навозе, гниющих фруктах и ​​овощах и других органических веществах, таких как листья или гнилая древесина. Люди могут контактировать со спорами грибка, вдыхая их через кожу, если у них есть порез, ожог или другая открытая рана.

Эти грибы можно найти во многих странах мира, включая Канаду.

На самом деле, они настолько широко распространены, что их можно найти даже в носу и легких здоровых людей, по словам Лии Коуэн, профессора и заместителя вице-президента по исследованиям Университета Торонто и содиректора исследовательской программы в CIFAR сосредоточился на изучении царства грибов.

Однако в этих случаях люди со здоровой иммунной системой обычно могут избавиться от грибков, чтобы они не вызывали никаких проблем.

«Проблема в том, что у людей нет достаточно сильной иммунной системы, чтобы бороться с этими грибами, которые действительно довольно широко распространены в окружающей среде», — сказал Коуэн CTVNews.ca в телефонном интервью в среду.

По данным Центров по контролю и профилактике заболеваний США (CDC), общий уровень смертности от этого заболевания составляет 54 процента и 46 процентов от инфекций носовых пазух.

«Это может быть смертельно опасно», — сказал Коуэн. «Это довольно неприятный гриб».

КАКИЕ СИМПТОМЫ?

Коуэн сказал, что мукормикоз или «черный грибок» может вызывать широкий спектр симптомов в зависимости от того, где происходит инфекция.

«Попав внутрь организма, он может распространиться по кровотоку и затронуть все виды органов», — сказала она.

Ранние симптомы могут включать боль в пазухах или заложенность носа с одной стороны лица, головную боль с одной стороны, отек, онемение, зубную боль и расшатывание зубов.

Более серьезные симптомы включают почернение или изменение цвета носа, нечеткость зрения или двоение в глазах, боль в груди, затрудненное дыхание и кровохарканье.

CDC сообщает, что в случаях инфицирования кожи область может стать черной, а вокруг раны может появиться боль, тепло, чрезмерное покраснение или припухлость.

КТО МОЖЕТ БОЛЬШЕ?

Хотя мукормикоз встречается редко, он чаще встречается у людей с ослабленным иммунитетом или принимающих лекарства, ослабляющие их иммунную систему.

К числу тех, кто подвержен наибольшему риску, относятся люди с диабетом, раком, ВИЧ / СПИДом, трансплантатом органов и стволовых клеток, низким количеством лейкоцитов, слишком большим количеством железа, а также люди с длительным употреблением кортикостероидов и инъекционных наркотиков.

Мукормикоз не заразен и не может передаваться между людьми или между людьми и животными.

ПОЧЕМУ В ИНДИИ ЕЩЕ БОЛЬШЕ СЛУЧАЕВ?

Хотя были сообщения о мукормикозе в таких странах, как Великобритания, США., Франция, Австрия, Бразилия и Мексика во время пандемии, сказал Коуэн, в Индии больше случаев заболевания по нескольким причинам.

Во-первых, она сказала, что в Индии уже широко распространен неконтролируемый диабет, что делает некоторых людей более восприимчивыми к грибковой инфекции.

Затем эта уязвимость усугубляется бушующим распространением коронавируса в стране, в результате чего они могут быть госпитализированы с тяжелым заболеванием COVID-19.

Наконец, что еще хуже, Коуэн сказал, что использование стероидов, таких как дексаметазон, для лечения COVID-19 может фактически спровоцировать развитие мукормикоза у этих пациентов.

Стероиды используются для уменьшения воспаления в легких пациентов с тяжелой формой COVID-19 и подавления иммунной системы, чтобы предотвратить ее перегрузку и повреждение органов. Однако Коуэн сказал, что ослабление иммунной системы может также подвергать пациентов другим рискам, таким как мукормикоз.

«Использование стероидов может спасти жизнь, но оно также создает огромные риски и уязвимости», — сказала она. «Врачи должны быть очень, очень осторожны с тем, как они контролируют такие схемы лечения.”

Коуэн сказал, что мукормикоз часто развивается после того, как пациент с COVID-19, обычно страдающий диабетом, прошел стероидное лечение от этого заболевания.

МОЖНО ЛЕЧИТЬ?

Коуэн сказал, что очень сложно лечить грибковые инфекции, такие как мукормикоз, и от них нет никакой вакцины. Она сказала, что есть одно противогрибковое лекарство под названием амфотерицин B, которое обычно используется, но оно дорогое, с ним связано множество побочных эффектов, и его нужно вводить внутривенно каждый день в течение восьми недель.

«Это дорого, опасно, токсично, требует внутривенного вливания каждый день в течение восьми недель и часто не лечит», — сказал Коуэн.

Часто лечение мукормикоза требует хирургического вмешательства для удаления всех мертвых или инфицированных тканей.

«Это может произойти в мозгу, прямо в глазу», — сказал Коуэн. «В настоящее время существует действительно распространенная проблема, связанная с тем, что этим пациентам приходится удалять глаз, чтобы спасти их жизни».

Коуэн сказал, что в целом грибковые инфекции имеют высокий уровень смертности, потому что их трудно лечить лекарствами, и они недостаточно изучены.

«За антибактериальными и противовирусными препаратами стоит гораздо большая область и гораздо больше денег, чем на поддержку исследований противогрибковых средств», — сказала она. «Поэтому мы думаем, что здесь действительно огромная, огромная и постоянно растущая неудовлетворенная потребность в медицине».

Из файлов Reuters и AFP

Желейные грибы

Главная >> Разнообразие и классификация >> Настоящие грибы >> Дикаря >> Базидиомицеты >> Агарикомикотина >> Желейные грибы

Термин «студенистые грибы» неофициально применяется к видам грибов, имеющих желатиноподобную консистенцию.Причина такой текстуры в том, что структурные гифы этих грибов имеют стенки, которые не являются тонкими и жесткими, как у большинства грибов, а вместо этого расширены до довольно диффузной и неопределенной степени. В засушливые периоды эти гифы разрушаются и становятся довольно твердыми и устойчивыми к изгибу, но как только они увлажняются, они снова расширяются до своей первоначальной студенистой текстуры. Такие ткани способны существовать в сухом состоянии в течение многих месяцев и при воздействии влаги быстро расширяются до полного размера.Следовательно, грибы, обладающие этими характеристиками, подходят для сред, которые могут оставаться сухими в течение длительных периодов времени. Они могут быть одними из первых грибов, которые можно увидеть весной, потому что они оставались сухими и незаметными всю зиму, а затем оживали только с первым таянием снега или во время зимних оттепелей.

Своеобразная текстура студня не является абсолютным показателем родства с предками. Желатиновые текстуры также можно найти у некоторых видов Ascomycota, и на самом деле они являются просто адаптацией к определенным воздействиям окружающей среды.Тем не менее некоторые группы грибов почти полностью состоят из видов с студенистыми тканями, в то время как другие никогда не бывают студенистыми. Выделяются три группы; АУРИКУЛЯРНЫЕ ЛЕКАРСТВА, ДАКРИМИЦЕТАЛЫ и ТРЕМЕЛЛЯЛИ. Все они имеют почти исключительно студенистые базидиомы и все имеют базидии, не являющиеся обычными холобазидиями. Вы можете просмотреть обсуждение типов базидиумов, прежде чем идти дальше. Среди Pucciniomycotina можно найти еще несколько студенистых видов, но в основном они маленькие и незаметные.

УПРАВЛЕНИЕ

Auricularia auricula-judae , ушной гриб Иуды, безошибочно узнаваемый вид, обнаруживаемый на гниющей древесине твердых и хвойных пород. В нашем регионе он чаще всего встречается на бальзамической пихте, но в других регионах может встречаться только на лиственных деревьях, особенно на бузине. Он был назван в честь Иуды Искариота, который, как полагают, повесился на бузине. Этот вид встречается по всему миру и стал важным элементом азиатской кухни.Пакеты сушеных базидиом продаются в китайских продуктовых магазинах под названием «Деревянное ухо». Их замачивают в воде, чтобы оживить, а затем добавляют в различные блюда, чтобы придать им слегка хрустящую текстуру. Другой вид, A. polytricha , продаваемый под названием «облачное ухо», используется таким же образом. Известно несколько видов; многие из них распространены в тропических лесах. Виды Auricularia необычны среди Agaricomycotina тем, что имеют фрагмобазидии.

Виды Exidia и Exidiopsis встречаются на мертвых ветвях деревьев, как хвойных, так и лиственных.Они различаются в основном формой базидиом: у Exidia в основном студенистые и округлые до мозговидных, а у Exidiopsis образуют плоские ресупинатные наросты. Exidia glandulosa , изображенная слева, типична для своего рода своими черными, раскидистыми, студенистыми массами базидиом, напоминающими мозг. Эти особые базидиомы разделяют мертвую ветвь осины с красными базидиомами Peniophora rufa , совершенно не родственного гриба, сгруппированного среди кортициоидных и стереоидных членов разнообразного отряда Russulales.Одно предостережение: не все виды Exidia имеют черные базидиомы. Некоторые из них довольно бледные, и их можно принять за виды Tremella .

На изображении выше плоский белый нарост на мертвой ветке рябины — это Exidiopsis effusus . Панели в нижней правой части иллюстрации представляют собой микрофотографии базидий и базидиоспор Exidiopsis effusus . Базидии эллипсоидальные, с удивительно длинными стеригмами.Базидиоспоры, сделанные из свежих отпечатков спор и помещенные в воду, имеют аллантоидную (колбасную) форму. Эти споры прорастают путем повторения, давая начало единственной стеригме, несущей небольшую баллитоспору (спору, которая принудительно выбрасывается), что видно на панели над базидиоспорами. Для этих изображений базидии и базидиоспоры были помещены в раствор KOH флоксина, распространенного красителя, используемого для базидиомицетов.

Два других гриба, проиллюстрированные выше, заслуживают упоминания. Это слева Pseudohydnum gelatinosum и Tremiscus helvelloides справа. Pseudohydnum gelatinosum часто встречается на хвойных бревнах осенью и сохраняется до зимы. Он необычен тем, что его крестообразные базидии выстилают поверхность зубов наподобие зубных грибов. Tremiscus helvelloides также встречается на древесине, но часто на заглубленных ветвях, так что кажется, что он возникает из почвы.

ДАКРИМИЦЕТАЛЫ

Dacrymycetales, представители класса Dacrymycetes, почти все представляют собой сапротрофы от ярко-желтого до оранжевого цвета на древесине, такие как Dacrymyces chrysospermus вверху слева.У всех есть камертоны basidia, как видно на фотографии слева. Базидиоспоры необычны среди Basidiomycota тем, что они могут становиться перегородчатыми по мере созревания. На рисунке в середине слева показаны стадии развития перегородки у вида, имеющего базидиоспоры с исключительными 15 перегородками в период созревания. Благодаря яркой окраске и массивным плодовым телам они являются одними из первых грибов, встречающихся каждую весну. Однако очень заметный вид D. chrysospermus может вводить в заблуждение, многие виды — крошечные, и их можно увидеть только с очень хорошей ручной линзой или препаровальным микроскопом.Например, базидиомы Dacrymyces minor , показанные на фотографии с большим увеличением вверху справа, имеют диаметр не более 2 мм, и это после регидратации. Они не были замечены в поле, но были занесены вместе с некоторыми другими грибами и стали очевидными только после того, как дерево было замочено в воде в течение часа. Как видно на фотографии слева, гимений базидиев и опорных структур опирается на очень рыхлую студенистую ткань. Когда эти грибы высыхают, они превращаются в незаметную массу или тонкую пленку, что объясняет, почему их лучше всего искать во влажную погоду.

Вид Dacrymyces бывает трудно идентифицировать. Необходим хороший микроскоп, и даже в этом случае различия между видами могут быть основаны на незначительных различиях в размере спор, форме и характеристиках прорастания. Виды Dacrymyces иногда называют «ведьмовским маслом», хотя этот термин, вероятно, наиболее правильно применяется к неродственным Tremella mesenterica .

В Dacrymycetales есть несколько других родов в дополнение к Dacrymyces .Справа два из них: Ditiola и Heterotextus . Ditiola radicata , справа, характеризуется белой ножкой. Образец на фотографии был найден на выбеленном бревне на берегу озера Мистиникон в северной части Онтарио. Heterotextus alpinus , крайний справа, как и виды Dacrymyces не имеет ножки, но характеризуется коническими базидиомами, которые соединяются с субстратом на конце конуса.Базидии образуются на широкой плоской поверхности.

TREMELLALES

Тремеллы, представители тремелломицетов, в основном паразиты на других грибах. Они обитают в самых разных средах обитания, почти всегда в компании своих грибковых хозяев. Tremella fuciformis , на фото слева, — довольно крупный представитель своего рода. Обычно это происходит в более теплых частях света, где он паразитирует на грибах, разлагающих древесину. Образец на фотографии был собран во Флориде.Этот вид легко можно приобрести, посетив китайский продуктовый магазин. Он обычно используется в Азии в качестве десерта и часто подается с легким сахарным сиропом. На одной памятной встрече микологов в Торонто был банкет в большом китайском ресторане с разными видами грибов. Десерт включал T. fuciformis (так называемый «снежный гриб»), подаваемый традиционным способом. Доктор Грег Торн, один из участников, был особенно зорким и заметил, что на Tremella есть крошечные черные точки, и вытащил ручную линзу, чтобы рассмотреть поближе.Он обнаружил, что Tremella , сам грибковый паразит, паразитирует перитециями Ophiostoma epigloeum , члена Sordariomycetidae в Ascomycota. Это открытие вызвало большой интерес и воодушевило всех микологов, присутствовавших в зале, и обеспокоило руководство ресторана, которое должно было быть уверенным, что посетители остались довольны. В последующие дни доктор Торн исследовал упаковки T. fuciformis в нескольких китайских магазинах и обнаружил, что это обычное дело.

Tremella encephala , изображенная выше, обычно дает базидиомы меньшего размера, чем у T. fuciformis , проявляясь в виде желтых мозговидных или пустулезных масс на мертвых ветвях хвойных деревьев. Один, изображенный здесь, был собран на небольшой ветке красной ели в северной части Нью-Брансуика. Он паразитировал на гифах Stereum sanguinolentum , базидиомицета, производящего заметные базидиомы на хвойных деревьях. Базидиомы S.sanginolentum не видны на фотографии, так как под корой дерева росли хозяин и паразит.

Справа от макрофотографии несколько базидий T. encephala , окрашенных в розовый цвет во флоксине и сфотографированных в 5% КОН. Типично для всех Tremellales, они имеют крестообразную перегородку. Базидии на картинке показывают прогрессию взглядов от вертикального к боковому. Вертикальный вид показывает характерное крестообразное или крестообразное расположение перегородок.Крайний правый базидий показывает две из четырех роговидных стеригм, которые участвуют в распространении базидиоспор. Базидиоспоры, окрашенные в конго красный. Первые девять из этих спор не прорастают, а самые правые пять показывают две формы прорастания. Те, что отмечены буквой «B», прорастают почками, что характерно для грибов, растущих как дрожжи. Те, которые помечены буквой «R» (для «повторяющегося прорастания»), дали стеригматы, из которых будет произведена баллистоспора , которая будет принудительно выброшена.«Баллистоспора» — это термин, часто применяемый к спорам, которые принудительно выводятся из стеригматоподобного разрастания. Его также можно наносить на базидиоспоры, хотя обычно этого не делают.

Tremella mycophaga , гораздо более мелкий вид показан на фото выше. Он образует небольшие бесцветные базидиомы на поверхности базидиом Aleurodiscus amorphus , члена кортициоидных агарикомицетов, которые подробно обсуждаются на этих страницах.Некоторые из оранжевых базидиом A. amorphus , растущие вдоль верхушки еловой ветви на снимке, несут белые базидиомы T. mycophaga . Этот небольшой паразит распространен везде, где встречается гриб-хозяин. Есть много других мелких видов Tremella , встречающихся на других грибах. Их трудно собрать, потому что они обычно не видны в поле и обнаруживаются только при изучении образцов других грибов. Ищите их в дождливые дни, когда они опухли до своего полного размера.

Главная >> Разнообразие и классификация >> Настоящие грибы >> Дикаря >> Базидиомицеты >> Агарикомикотина >> Желейные грибы

СОВЕТ ДНЯ: Форма в желе и джем | Интернет-журнал о кулинарных приключениях Nibble

КАК ПРЕДОТВРАТИТЬ РАЗВИТИЕ ПЛЕСЕНИ НА МОЛОЧЕ И ЗАЖИМ Обычно желе и джем не образуют плесени сами по себе из-за высокой кислотности фруктов и консервативного действия сахара.Но споры плесени могут иногда попадать в банку с желе через загрязнение от посуды, которая ранее использовалась для приготовления других пищевых продуктов — например, хлеба. Когда вы намазываете желе на хлеб, микроскопический кусок хлеба со спорами плесени может прилипнуть к ложке или ножу. Мы охлаждаем открытые банки и особенно осторожны во избежание перекрестного загрязнения, используя отдельную ложку для желе. Но возможно, что когда мы намазываем первую ложку желе на хлеб, он захватил микроскопические споры плесени, которые попали в банку, когда мы взяли вторую ложку.

В банке может появиться плесень от спор хлеба. Фото любезно предоставлено Peanut Butter & Co.

Итак, сегодняшний совет: не обмакивайте ложку или нож дважды. И выкинуть банку с плесенью. КОГДА МОЖНО ПРИГОТОВИТЬ ЕДА С ПЛЕСЕНЬЮ Существуют тысячи, если не миллионы, различных типов плесени, от полезных, таких как пенициллий (который используется для изготовления плесени в голубых сырах), до токсичных. Эксперты предупреждают, что вычерпывание видимой плесени не является решением проблемы, поскольку плесень оставляет микроскопические усики глубоко в продуктах питания. По данным Министерства сельского хозяйства США, вы можете сэкономить твердые сыры, твердые фрукты и овощи, вырезав не менее дюйма вокруг и под пятном плесени. Но организация советует бросать выпечку, хлеб, запеканки, зерно, джемы и желе, бобовые, мясо, орехи, макароны, арахисовое масло, мягкие сыры, мягкие фрукты и овощи, сметану, йогурт и другие продукты. Список того, что можно оставить, легко запомнить, потому что он очень краткий: твердые сыры, фрукты и овощи.Прощай со всем остальным.

Набор инструментов ImageJ для анализа прорастания спор в мицелиальных грибах с временным разрешением

, ^{# 1, 2} , ^{# 1} , ¹ , ^{1, 3} и ¹

Michael Brunk

¹ Кафедра биотехнологии и биофизики, Университет Юлиуса-Максимилиана Вюрцбург, Биоцентр — Ам-Хубланд, D-97074 Вюрцбург, Германия

² Текущий адрес: Департамент системной физиологии, Институт нейробиологии им. Лейбница , Brenneckestraße 6, D-39118 Magdeburg, Германия

Sebastian Sputh

¹ Департамент биотехнологии и биофизики, Университет Юлиуса-Максимилиана Вюрцбург, Биоцентр — Ам-Хубланд, D-97074 Вюрцбург, Германия

Sören Doose Кафедра биотехнологии и биофизики, Университет Юлиуса-Максимилиана Вюрцбург, Биоцентр — Ам Хубланд, D-97074 Вюрцбург, Германия

Себастьян ван де Линде

¹ Кафедра биотехнологии и биофизики, Университет Юлиуса-Максимилиана Вюрцбург, Биоцентр — Ам Хубланд, D-97074 Вюрцбург, Германия

³ Текущий адрес: Физический факультет, Университет Стратклайда, 107 Роттенров East, Glasgow, G4 0NG UK

Ulrich Terpitz

¹ Департамент биотехнологии и биофизики, Университет Юлиуса-Максимилиана Вюрцбург, Biocenter — Am Hubland, D-97074 Вюрцбург, Германия

¹ Департамент биотехнологии и биофизики Университет Юлиуса-Максимилиана Вюрцбург, Биоцентр — Ам Хубланд, D-97074 Вюрцбург, Германия

² Текущий адрес: Департамент системной физиологии, Институт нейробиологии им. Лейбница, Бреннекштрассе 6, D-39118 Магдебург, Германия

^{3, настоящее время Адрес}

^{: Департамент физики, Университет Стратклайда, 107 Роттенроу Ист, Глазго, G4 0NG UK}

Корреспондент г автор.

^# Внесено поровну.

Поступила 18.05.2017; Принято 22 декабря 2017 г.

Открытый доступ Эта статья находится под международной лицензией Creative Commons Attribution 4.0, которая разрешает использование, совместное использование, адаптацию, распространение и воспроизведение на любом носителе или любом формате при условии, что вы указали оригинал Автор (ы) и источник предоставляют ссылку на лицензию Creative Commons и указывают, были ли внесены изменения. Изображения или другие материалы третьих лиц в этой статье включены в лицензию Creative Commons для статьи, если иное не указано в кредитной линии для материала.Если материал не включен в лицензию Creative Commons для статьи и ваше предполагаемое использование не разрешено законом или превышает разрешенное использование, вам необходимо получить разрешение непосредственно от правообладателя. Чтобы просмотреть копию этой лицензии, посетите http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/. Эта статья цитируется в других статьях PMC.

Дополнительные материалы

Дополнительный набор данных 2

GUID: 378A5101-0DB6-4162-9802-973254402EFA

Дополнительный набор данных 1

GUID: 86D86C82-504D-4C683-GUID: 86D86C82-504D-4C683-GUID: 86D86C82-504D-4C683- -945C-460C-97AD-B8F2B141A53D

Заявление о доступности данных

Все соответствующие данные включены в рукопись и дополнительную информацию.Исходный код HyphaTracker предоставляется в виде дополнительного файла «HyphaTracker_v1.0.zip». Обновления будут доступны по адресу http://bcp.phys.strath.ac.uk/photophysics/super-resolution/software/. Кроме того, предоставляются различные временные ряды тестов, дающие читателю возможность протестировать макрос непосредственно в ImageJ. Четыре временных ряда полноразмерных изображений (по 2 ГБ каждый) доступны по адресу https://go.uniwue.de/hyphatracker, а другие временные ряды можно получить у соответствующего автора по разумному запросу.

Abstract

Динамика раннего развития грибов и их влияние на физиологические сигналы и факторы окружающей среды еще плохо изучены. В частности, инструменты компьютерного анализа для оценки процесса раннего прорастания спор и образования зародышевых трубок все еще отсутствуют. Для анализа с временным разрешением прорастания конидий нитчатого аскомицета Fusarium fujikuroi мы разработали простой набор инструментов, реализованный в ImageJ.Это позволяет обрабатывать микроскопические снимки (видео) прорастания конидий, начиная с коррекции дрейфа и обработки данных перед анализом прорастания. Из временного ряда изображения извлекаются области интересов (ROI), связанные с прорастанием, которые анализируются на предмет их площади, округлости и времени. Области интереса, происходящие от проростков, пересекающих другие гифы или границы изображения, при анализе не учитываются. Каждый конидий / гифа идентифицируется и соотносится с его происхождением, что позволяет впоследствии классифицировать.Эффективность HyphaTracker была подтверждена, а точность проверена на моделированных проростках при различных соотношениях сигнал / шум. Светлопольные микроскопические изображения конидиального прорастания мутантов F. fujikuroi с дефицитом родопсина и их соответствующих контрольных штаммов были проанализированы с помощью HyphaTracker. В соответствии с нашими наблюдениями в более ранних исследованиях, мутант с дефицитом CarO прорастал раньше и рос быстрее, чем другие штаммы, экспрессирующие CarO.

Введение

Распространение грибов обеспечивается за счет распространения бесполых спор, так называемых конидий, которые пассивно переносятся по воздуху.После перемещения конидий прорастет только в том случае, если гриб окажется в удобных условиях для роста. Прорастание начинается с образования зародышевой трубки, проникающей в субстрат. Поглощение питательных веществ приводит к увеличению скорости разрастания, ускоряя рост гиф. Следовательно, раннее развитие гиф можно описать экспоненциальным ростом с постоянной удельной скоростью, тогда как более поздний рост гиф можно описать как линейное удлинение ^{1 , 2} . Скорость роста гиф грибов является важной мерой воздействия факторов окружающей среды на рост грибов ^{3 — 5} .Действительно, на прорастание конидий влияет впечатляющее количество факторов окружающей среды, в том числе световые ^{6 , 7} .

Свет — это триггер окружающей среды, часто используемый в регуляции физиологических процессов у грибов, и, соответственно, мицелиальные грибы оснащены множеством различных фоторецепторов. ^{8 — 11} . Эти светочувствительные белки принимают участие в нескольких важных решениях, касающихся жизненного цикла грибов. Соответственно, огромное количество светорегулируемых генов обнаружено у грибов ^{12 , 13} .За исключением родопсинов все фоторецепторы грибов реагируют либо на синий (WC-1 ¹⁴ , Vivid ¹⁵ , Фотолиаза ¹⁶ , Cryptochrome ¹⁷ ) или на красный свет (фитохромы ^{). 18} ). Напротив, грибковые родопсины воспринимают зеленый свет, и их биологическая функция все еще исследуется. Недавно мы заметили, что грибковый родопсин CarO из F. fujikuroi замедляет прорастание конидий, собранных из мицелия, выращенного на свету ¹⁹ .Эта регуляция зеленого света, контролируемая родопсином, может играть роль во время заражения растений F. fujikuroi , который является патогеном риса, провоцируя частое и широко распространенное заболевание растений, bakanae ^{20 , 21} .

В нашем предыдущем исследовании задержка прорастания спор анализировалась по фотографиям, сделанным в фиксированное время (12 часов) после прорастания ¹⁹ . Хотя таким образом были получены статистически значимые данные, динамика раннего развития не была выяснена с помощью этого подхода.В частности, по этим данным его нельзя было бы расшифровать, если бы только начало прорастания конидий было задержано или если бы полный процесс прорастания замедлился в присутствии активного родопсина CarO. Такая подробная информация станет доступной из компьютерного анализа прорастания отдельных конидий с временным разрешением (отслеживание отдельных конидий), а не из мониторинга роста колоний в реальном времени ²² .

Хотя для анализа роста мицелия доступны мощные инструменты ^{23 — 26} , они не позволят ни анализировать несколько конидий одновременно с малым увеличением, ни отслеживать увеличение височной площади во время раннего прорастания.Таким образом, эти инструменты не оптимизированы для нашей цели, а именно для автоматизированного анализа прорастания конидий F. fujikuroi . «HyphArea» — это модуль, специализирующийся на анализе распределения мицелия в определенные моменты времени (2–4 дня после инокуляции) с адаптированным для роста увеличением в растительной ткани ²³ . Другой инструмент оптимизирован для полуавтоматического анализа изображений с использованием различных временных точек для рандомизированного отбора проб для управления процессом ферментации Trichoderma resii ²⁴ .В более позднем подходе частота ветвления виртуальных нитчатых микробов была определена количественно с использованием фрактального анализа, что привело к разработке плагина ImageJ AnaMorf ²⁵ . Помимо инструментов, разработанных и оптимизированных для анализа роста грибов, мы также рассмотрели инструменты, разработанные для анализа роста нитчатых клеток других типов, таких как бактерии ²⁷ , растения ²⁸ и нейроны ²⁹ .В частности, для отслеживания и анализа нейронного роста и ветвления в последнее время было разработано множество различных наборов инструментов / алгоритмов, и большинство из них доступно в виде программного обеспечения с открытым исходным кодом ^{30 — 37} . Тем не менее, эти инструменты либо оптимизированы для анализа отдельного нейрона с фокусом на событиях ветвления, либо предназначены для различения клеточных характеристик (например, сомы, аксона и дендритов), которые не имеют соответствующего аналога у грибов.

Таким образом, вдохновленные процедурами обработки изображений, описанными ранее ³⁸ , мы разработали реализацию для программного обеспечения с открытым исходным кодом ImageJ под названием «HyphaTracker», позволяющую проводить компьютерный анализ с временным разрешением расширения грибковой области.HyphaTracker разработан для анализа прорастающих спор грибов и позволяет полуавтоматически обрабатывать изображения нескольких проростков в поле зрения. Набор инструментов позволяет исключить частицы и пересекающиеся гифы во время анализа и предоставляет данные с временным разрешением о динамике площади грибковых проростков. Мы оценили точность HyphaTracker с смоделированными наземными данными. С помощью нового набора инструментов мы проанализировали профиль прорастания конидий родопсин-дефицитных штаммов F. fujikuroi ^{39 , 40} по сравнению с их контрольными штаммами и выявили различия в динамике прорастания конидий.

Результаты

HyphaTracker — автоматический анализ изображений для определения происхождения проростков и исключения пересекающихся гиф

Для анализа динамики прорастания конидий мы реализовали интерактивный макрос для программного обеспечения с открытым исходным кодом ImageJ (Фиджи) ⁴¹ называется HyphaTracker. Для надежной оценки данных было важно, чтобы набор инструментов мог отличать конидии от фоновых и других частиц. Кроме того, он должен позволять присваивать идентификационный номер (ID) каждому конидию / зародышу, зарегистрированному в разные моменты времени (кадры).Пересечение гиф и вырастающих за границу изображения гиф следует исключить из анализа, при условии, что это редкие события. После анализа инструмент должен суммировать данные в формате, подходящем для дальнейшей оценки данных в программном обеспечении для анализа данных.

Как показано на рис. Набор инструментов HyphaTracker включает в себя 5 подпрограмм, которые предназначены для последовательного использования. Тем не менее, каждую процедуру можно запускать отдельно, если предоставлены соответствующие входные данные (дополнительная информация).Первый вариант позволяет уменьшить количество изображений во временном ряду до свободно приемлемого разумного числа, чтобы ускорить анализ данных. Хотя для видеодокументации стоит получать изображения с высокой частотой кадров, например 0,2 мин ⁻¹ , его можно выполнить с передискретизацией для временного анализа, а количество изображений в серии может быть уменьшено без влияния на результат, если частота дискретизации достаточно высока для отслеживания динамики гиф ⁴² (Дополнительный Инжир. ^S7 ). Вторая особенность заключается в коррекции бокового смещения образца, которое могло произойти во время записи изображения. Важно отметить, что во время сбора данных дрейф всегда следует избегать или уменьшать, поскольку осевой дрейф не корректируется программным обеспечением.

Схематическое представление программного анализа изображений с помощью алгоритма HyphaTracker (блок-схема). Временной ряд изображения записывается в 16-битном разрешении в формате TIF. В HyphaTracker доступны пять независимых функций для последовательной обработки / анализа изображений: 1.Уменьшение стека, 2. Коррекция дрейфа, 3. Генерация двоичного изображения, 4. Генерация ROI, и 5. Генерация GermlingID с анализом конидий. Отфильтрованные данные, отсортированные в соответствии с обнаруженными конидиями, суммируются в txt-файле и, необязательно, в виде отфильтрованного двоичного изображения. Для подробного объяснения, пожалуйста, обратитесь к разделу «Методы и дополнительная информация».

В следующей третьей части битовая глубина временного ряда с коррекцией дрейфа уменьшена с 16-битной до двоичной (см. Методы и дополнительную информацию ^1.3 ). Процедура включает уменьшение фона с помощью комбинированного «катящегося шара» и фильтра Гаусса со свободно регулируемой шириной (стандартный радиус 20 пикселей (пикселей) и 1 пикселей, соответственно). Пользователь может выбрать альтернативные настройки фильтра в зависимости от анализируемых объектов. Пороговый уровень автоматически выбирается алгоритмом ImageJ по умолчанию, но при необходимости его можно отрегулировать вручную. После бинаризации серии изображений HyphaTracker определяет интересующие области (ROI). На этом этапе исходные биологические характеристики конидий или молодых проростков могут быть использованы для фильтрации данных i.е. можно определить минимальную и максимальную округлость, а также минимальную и максимальную площадь ROI. На последнем этапе эти области интереса анализируются, и каждой области интереса присваиваются идентификаторы проростков, при этом исключаются любые гифы, пересекающие другие проростки или границу изображения. Отсортированные данные сохраняются в виде текстового файла, который можно импортировать в программное обеспечение для анализа данных, что позволяет проводить анализ увеличения площади отдельных проростков с временным разрешением. При желании также отображается серия отфильтрованных изображений.

Оценка набора инструментов HyphaTracker с точки зрения точности

Для тестирования производительности HyphaTracker мы проанализировали смоделированные данные, напоминающие экспериментальные временные ряды с точки зрения формы гиф, роста, размера изображения и характеристик отношения сигнал / шум изображения, и сравнили достоверность данных. с результатами анализа (подробнее см. Методы). Каждая серия изображений содержала 20 зародышей, и размер изображения был установлен на 4000 × 4000 пикселей, что соответствует 2560 × 2560 мкм². Для моделирования нитевидного роста были выбраны четко определенные параметры.Начальная длина гифы была нормально распределена со средним значением 50 мкм и стандартным отклонением 10 мкм. Гифы росли в течение общего времени 60000 с с шагом по времени 20 с, используя длину персистентности 20 мкм, константу скорости 1 * 10 ^-4 с ^-1 и константу инициализации 2 * 10 ⁻² , что дает время запаздывания 39 318 с. Рендеринг фильма производился из изображений каждые 1200 с с отношением сигнал / шум (SNR; средний сигнал относительно стандартного отклонения фонового сигнала) 13.3 (11,2 дБ), 6,7 (8,3 дБ) и 3,3 (5,2 дБ). Такое моделирование было повторено 10 раз, чтобы получить достаточную статистику. Следует отметить, что фильмы, отрендеренные с разными уровнями отношения сигнал / шум, содержат одни и те же смоделированные данные полимера.

Анализ, проведенный HyphaTracker, убедился, что учитывались только те ростки, которые не пересекали границу изображения, или какие-либо другие проростки. Таким образом, мы обнаружили 193, 194 и 193 трассы всего от 200 смоделированных полимеров (из 10 серий изображений для каждого SNR 13.3, 6.7 и 3.3 соответственно). Для каждого проростка мы обнаружили следы в среднем на 46.9, 46.6 и 46.7 изображениях (в фильмах с 50 изображениями), поскольку некоторые проростки выпали из анализа, пересекая границу изображения или другие проростки.

При анализе зависимости от времени зарегистрированных участков проростков (или длины контура в моделировании) мы обнаружили хорошее согласие с точки зрения экспоненциальной зависимости от времени, проявляющейся через определенное время задержки (рис.). Согласно параметрам, используемым для моделирования, время задержки 32.Ожидалось, что с помощью анализа HyphaTracker будет обнаружено 8 кадров и константа скорости 0,12 кадра ^-1 . Действительно, как показано на рис., Значения для времени задержки 32,9 ± 1,2 (SNR 13,3), 32 ± 1,1 (SNR 6,7), 31 ± 4,1 (SNR 3,3) и константы скорости 0,119 ± 0,008 (SNR 13,3), 0,119 ± 0,008. (SNR 6,7), 0,118 ± 0,032 (SNR 3,3) были в хорошем соответствии с истиной. При низких значениях отношения сигнал / шум стандартное отклонение увеличивалось, в то время как среднее значение изменялось незначительно.

Тест на точность набора инструментов HyphaTracker при моделировании роста грибов.Гифы были описаны как двумерные червеобразные цепочки с фиксированной длиной персистентности и переменной длиной контура, чтобы максимально походить на экспериментальные наблюдения. Серии смоделированных изображений, показывающих различные значения ОСШ, как указано, были проанализированы с помощью HyphaTracker. Данные по площади с временным разрешением были подобраны с использованием модели экспоненциального роста с запаздыванием ⁵² , и полученные параметры сравнивались с наземной достоверностью (GT). ( a ) Время задержки. ( b ) Константа скорости.( c ) Начальная площадь (смещение). Обратите внимание, что точность HyphaTracker снижалась с более низкими отношениями сигнал / шум, на что указывает увеличение стандартных отклонений ( a , b ) и, по сравнению с наземными данными, занижение начальных площадей ( c ).

Начальный размер конидий нельзя было напрямую сравнивать с наземной истиной, поскольку HyphaTracker отслеживает эволюцию участков прорастания, тогда как при моделировании была определена начальная длина гифы. Мы обнаружили, что относительные распределения начальных площадей следуют распределению Гаусса со средним значением, значительно снижающимся с уменьшением отношения сигнал / шум (рис.). Это можно объяснить тем фактом, что пороговый уровень, используемый в подпрограмме «Создание двоичного изображения», должен быть увеличен для более низких SNR, чтобы выявить подходящие двоичные изображения, что потенциально может привести к недооценке области. Тем не менее, сама длина гифы не должна или лишь незначительно зависеть от ОСШ. Таким образом, ожидается, что на стандартное отклонение начальной области в основном влияет стандартное отклонение начальной длины (истинное значение 0,2). Соответственно, относительное стандартное отклонение было определено равным 0.24, 0,25 и 0,27 для отношения сигнал / шум 13,33, 6,67 и 3,33 соответственно. В заключение, сравнение смоделированных наземных истинных данных и результатов HyphaTracker подтверждает, что HyphaTracker обеспечивает надежный анализ фильмов о растущих гифах даже при гораздо более низком соотношении сигнал / шум, чем в типичном эксперименте.

Анализ штаммов

F. fujikuroi с помощью HyphaTracker

Таким образом, мы использовали HyphaTracker для анализа динамики прорастания четырех различных штаммов F. fujikuroi , дикого типа FKMC1995, штамма Δ opsA SF223 ⁴⁰ , CarO-дефицитный штамм SF100 и его контроль SF101 ³⁹ .Временной ряд изображения включал прорастание конидий в течение> 15 часов. В качестве требования мы в первую очередь оптимизировали микроскопические протоколы для последующей автоматической оценки. Конидии высевали на стеклянные поверхности, покрытые поли-D-лизином, чтобы избежать вытекания и смещения конидий во время процесса записи изображения. Кроме того, все оптические компоненты были тщательно очищены, что необходимо для создания фона с низким уровнем шума и предотвращения ложноположительной локализации. Кроме того, мы поняли, что слегка расфокусированная запись изображений облегчает преобразование в двоичные изображения и, следовательно, обнаружение гиф.С помощью этого метода мы получили сильный контраст между темными гифами и ярким фоном. С учетом этих улучшений нам удалось создать подходящие временные ряды изображений (рис.). Обратите внимание, что вычислительный анализ с помощью HyphaTracker серии изображений, записанных в фокальной плоскости, потребует адаптированной предварительной обработки записанных изображений перед бинаризацией. В соответствии с этим, используя средний фильтр (радиус 3 пикселя) для фильтрации фона, мы дали удовлетворительные результаты в анализе прорастания конидий Lichtheimia cromybyfera с временным разрешением, которые были отображены в фокальной плоскости.Аспекты этих первоначальных экспериментов будут подробно проанализированы в другом проекте.

Обработка изображений макросом HyphaTracker для автоматической оценки данных. Прорастание конидий CarO-дефицитного штамма F. fujikuroi регистрировали с частотой кадров 0,2 мин ^-1 в 16-битном временном ряду изображений (HT-teststack1). Для визуализации процедуры обработки изображений с помощью HyphaTracker даны три различных момента времени. В левом столбце показаны 16-битные изображения после обработки данных и коррекции дрейфа.Гифы немного не в фокусе, чтобы на микроскопическом изображении они выглядели темными. В среднем столбце показан результат шага 3 (создание двоичного изображения) HyphaTracker. На шагах 4 и 5 (правый столбец) области интереса идентифицируются и фильтруются по их размеру и, в конечном итоге, по возникающим событиям пересечения или контакту с краем. Красными стрелками отмечены такие проростки, которые были автоматически удалены из анализа. Черная полоса соответствует 100 мкм.

Полный анализ занял от нескольких минут до максимум 40 минут в зависимости от вычислительной мощности системы ПК, размера временного ряда и количества конидий, которые необходимо проанализировать во время процедуры.Для нашего анализа динамики мы уменьшили частоту кадров с 12 ч ^-1 до 3 ч ^-1 , чтобы уменьшить объем данных, сохраняя при этом достаточно информации для анализа динамики прорастания (дополнительный рисунок ^S7 ). Коррекция дрейфа была очень важна для получения удобной идентификации проростков и фильтрации ложноположительных событий. Поскольку эта процедура очень быстрая (<1 мин), настоятельно рекомендуется выполнить коррекцию смещения, если установка не полностью свободна от смещения.Однако смещенные конидии или конидии, резко меняющие свою морфологию, а также гифы, растущие из z-фокуса в жидкость, недостаточно интерпретируются и, таким образом, были вручную исключены из анализа, чтобы снизить риск неправильной интерпретации данных. Кроме того, было замечено, что идентификация проростков очень чувствительна к радиусу, выбранному вокруг эталонного конидия (дополнительная информация, рис. ^S11 ). В целом, 80–85% пересекающихся гиф автоматически исключались из анализа, в то время как гифы, пересекающие границу, полностью отделялись от анализа данных.В редких случаях пересекающиеся гифы не обнаруживались, особенно когда пересекались более двух гиф. Некоторые конидии все еще остаются приостановленными, когда начинается получение изображения, и достигают фокальной плоскости позже в серии изображений. Как следствие, начальный конидиум может отсутствовать в опорном кадре для присвоения GermlingID, что приводит к ошибочной фильтрации. Этой проблемы можно избежать, если выбрать относительно позднюю систему отсчета, включающую все более поздние проростки (дополнительная информация, рис. ^S10 ). Кроме того, плотность спор должна быть сбалансирована таким образом, чтобы можно было одновременно регистрировать как можно больше событий прорастания, но чтобы процент случаев скрещивания оставался низким. В заключение, ручное управление автоматически сгенерированными данными неизбежно, чтобы снизить риск неправильной интерпретации данных. Однако в целом процедура анализа работала нормально, как показано на рис.

Компьютерный анализ роста грибов с помощью HyphaTracker показывает более раннее прорастание CarO-дефицитного штамма

Считается, что грибковый родопсин CarO участвует в регуляции прорастания конидий у F.Фудзикурои ¹⁹ . В соответствии с этим, в микроскопическом анализе с временным разрешением мы наблюдали более быстрое разрастание гиф у CarO-дефицитного штамма по сравнению с его экспрессирующим родопсин контрольным штаммом (фиг.). В нашем предыдущем исследовании мы показали выраженные различия в длине гифы через 12 часов. Однако, поскольку ручной анализ динамики прорастания конидий требует очень много времени, мы еще не исследовали кинетику замедленного прорастания штамма CarO ⁺ (по сравнению с CarO-).

Сравнение времени прорастания штаммов F. fujikuroi CarO + и CarO-. Показаны двоичные изображения, преобразованные и отфильтрованные макросом HyphaTracker. Красные стрелки указывают на конидии, которые пересекаются во время роста и были автоматически отделены от анализа. Ростки штамма, экспрессирующего родопсин, демонстрируют сниженный рост через 7, 12, 14, 15 и 15 1/3 часа по сравнению с штаммом с дефицитом родопсина. Черная полоса соответствует 100 мкм.

В соответствии с нашим предыдущим исследованием, анализ с помощью HyphaTracker выявил более высокую протяженность гиф, в которых отсутствовала экспрессия CarO (рис.). Напротив, мутант ΔOpsA и контроль дикого типа не показали заметных различий по сравнению со штаммом CarO ⁺ , что позволяет предположить некритическую роль родопсина OpsA во время прорастания спор. Через 15 ч у большинства проростков штаммов wt (n = 308, 5 опр.), CarO ⁺ (n = 193, 3 опр.) И ΔOpsA (n = 199, 4 опр.) Поверхность <300 мкм ² , в то время как штамм с дефицитом CarO (n = 100 в 9 опытах) демонстрировал сильно увеличенные площади гиф с> 95% гиф> 300 мкм ² .

Поведение конидий F. fujikuroi при прорастании проанализировано с помощью набора инструментов HyphaTracker. ( a ) Гистограмма плотности вероятности появления проростков после 15 часов инкубации. Обратите внимание, что все штаммы, за исключением штамма с дефицитом CarO, демонстрируют аналогичный профиль прорастания на этой гистограмме. Напротив, мутант с дефицитом родопсина обнаруживает гораздо большее количество гиф с площадью> 750 мкм ² . ( b ) Площадь гиф, созданная с помощью HyphaTracker, нанесена на график как функция времени.Линии представляют медианы (окрашены для дикого типа, ΔOpsA, CarO + и CarO-, как указано) и квартили (серые) для каждого набора данных (дикий тип: n = 133 в 5 независимых экспериментах), ΔOpsA: n = 83, 4 exp ., CarO +: n = 67, 3 эксп., CarO-: n = 21, 9 эксп.). Очевидно, прорастание CarO-дефицитного штамма начинается раньше и рост происходит быстрее, чем у штамма CarO ⁺ дикого типа и мутанта с делецией OpsA ( c — e ). Функции плотности вероятности, оцененные путем аппроксимации экспериментальных данных с использованием модели Бараньи.Гистограммы показаны для смещения (начальная область; c ), времени задержки ( d ) и константы скорости ( e ) для дикого типа, ΔOpsA, CarO + и CarO- черным, красным, синим и пурпурным цветами. соответственно.

Мы стремились выявить, если у CarO-дефицитного штамма, по сравнению с другими штаммами, прорастание начинается раньше или увеличивается ли скорость роста. Поэтому мы выполнили динамический анализ прорастания конидий с помощью HyphaTracker, используя серию изображений с временным разрешением и уменьшенной частотой кадров 3 ч ^-1 ), в результате чего были получены экспериментальные данные о размерах растущих гиф, зависящих от времени.

График площади во времени (т.е. номер кадра) показал ускоренный рост с некоторыми вариациями между отдельными гифами (рис., Дополнительный рис. ^S12 ). Из-за более быстрого распространения CarO-дефицитного штамма количество конидий этого штамма пришлось уменьшить по сравнению с другими штаммами, чтобы избежать частого скрещивания проростков. В качестве предварительного условия поведение прорастания не зависело от концентрации конидий, использованной во время эксперимента, в диапазоне от 2000 до 5000 конидий / мкл (дополнительный рис. ^S13 ), что предполагает отсутствие или лишь незначительные эффекты распознавания кворума, известные у других аскомицетов ^{43 , 44} в этих условиях. Тем не менее, нам пришлось повторить эксперимент с мутантом с дефицитом CarO несколько раз, чтобы получить достаточное количество данных (CarO-: 21 проросток / 9 опытов, CarO ⁺ : 67 проростков / 3 опыта; дикий тип: 133 проростки / 5 опыта, ΔOpsA: 83 проростка / 4 опыта). В качестве строгого ограничения для всех штаммов в анализ данных были включены только проростки, увеличившие свою площадь как минимум вдвое за время эксперимента.

Временная зависимость измеренных площадей a _i (t) может быть хорошо описана моделью роста, которая включает время задержки и экспоненциальный рост. Мы использовали модель Бараньи Ур. ⁵ с коэффициентом инициализации q , смещением o _i , представляющим начальный размер гиф, и константой скорости k _i , чтобы соответствовать всем кривым данных и сравнивать извлеченные распределения параметров.

Все извлеченные значения для параметров смещения, времени запаздывания (вычисленного из q и k согласно уравнению ⁴ ) и константы скорости, по-видимому, распределены по Гауссу (рис.; Сравнение среднего и стандартного отклонения приведено в таблице) . На логарифмическом графике площадей (рис.) Видно, что гифы каро-дефицитного штамма растут с уменьшенным — по сравнению с его контрольным штаммом — временем задержки, поэтому достигают больших размеров за заданное время наблюдения. Параметр соответствия для CarO− действительно отражает это поведение (таблица), поскольку мы обнаружили значительное увеличение смещения (t-критерий Стьюдента, p <0.005), сильное уменьшение времени запаздывания (t-критерий Стьюдента, p <0,001) и небольшое уменьшение константы скорости (t-критерий Стьюдента, p <0,001), указывающее на ускоренный рост прямо с начальной точки измерений. Напротив, было обнаружено высокое сходство между параметрами из штаммов дикого типа и ∆OpsA (таблица).

Таблица 1

Характеристики роста различных штаммов F. fujikuroi .

Образец	Штамм грибов	смещение o i (начальный размер конидий / гиф)	время задержки t лаг (время, когда рост грибов входит в экспоненциальную фазу)	константа скорости k (константа скорости экспоненциального роста)	n
дикий тип	FKMC1995 Fusarium fujikuroi ( G.fujikuroi спаривающаяся популяция C) Коллекция Канзасского государственного университета (Манхэттен, Канзас)	72 (17) пикселей / 29,3 (6,9) мкм 2	24 (10) кадра / 480 (200) мин	0,10 (0,02) рамка -1 / 0,005 (0,001) мин -1	123
∆OpsA	Мутантный штамм FKMC1995 с удаленным геном родопсина opsA 40 (SF223)	px / 32,2 (8,6) мкм 2	22 (11) кадра / 440 (220) мин	0.10 (0,03) кадр -1 / 0,005 (0,0015) мин -1	83
CarO +	Мутантный штамм FKMC1995 с интактным геном родопсина carO , используемый в качестве изогенного эталона для штамма CarO- 39 (SF101)	98 (66) пикселей / 39,9 (26,9) мкм 2	26 (11) кадр / 520 (220) мин	0,12 (0,03) кадр -1 / 0,006 (0,0015) min −1	66
CarO−	Мутантный штамм FKMC1995 с нарушенным геном родопсина carO (сдвиг рамки ORF) 39 (SF100)	133 (53) пикселей / 54.1 (21,6) мкм 2	2 (4) рамки / 40 (80) мин	0,08 (0,01) рамки −1 / 0,004 (0,0005) мин −1	21

Обсуждение

Развитие грибов начинается с конидий или половых спор, которые представляют собой важные элементы жизненного цикла грибов. Они позволяют эффективно распространять грибок и обеспечивать его выживание в неблагоприятных условиях. Споры гриба имеют смысл прорастать только тогда, когда их среда обеспечивает удобные условия для роста и достаточное количество питательных веществ для обеспечения развития мицелия.Следовательно, процесс прорастания грибов строго регулируется условиями окружающей среды ⁴⁵ . Особенно свет является важным триггером, влияющим на регуляцию прорастания спор у различных видов грибов ^{11 , 19 , 46 , 47} . Более подробное знание процессов прорастания в долгосрочной перспективе позволит разработать стратегии по снижению заражения грибами и / или оптимизации колонизации грибами при биопереработке.Таким образом, экспериментальные подходы к получению данных о динамике прорастания постоянно востребованы.

Микроскопический анализ представляет собой удобный метод качественного анализа динамики прорастания. Однако ручная оценка подобных данных занимает очень много времени, особенно когда требуются статистически значимые данные. Таким образом, временные ряды изображений следует анализировать с помощью подходящего вычислительного программного обеспечения, обеспечивающего автоматический или полуавтоматический анализ изображений. Хотя существует несколько вычислительных инструментов для анализа нитчатого роста грибов ^{23 — 26} и нейритов ^{30 — 37} , насколько нам известно, ни один из доступных инструментов не предназначен для анализа. о раннем развитии гиф нескольких проростков одновременно.В общем, многие доступные аналитические инструменты предназначены для качественного анализа роста нитей, а не для количественного анализа нескольких параллельных событий прорастания. ^{23 — 25} . В этих подходах клетки визуализируются при большом увеличении (в 40–100 раз), чтобы обеспечить регистрацию многих клеточных деталей.

В настоящем исследовании мы представляем новый набор инструментов, реализованный в ImageJ, под названием HyphaTracker, который предназначен для количественного анализа раннего прорастания путем одновременного визуализации 20–100 конидий при малом увеличении.Новый набор инструментов был разработан для адаптации необработанных изображений для анализа данных (обработки изображений) и для составления отчетов о площади каждого проростка в каждый момент времени (идентификация проростков), исключая пересечение гиф и других объектов из анализа данных. Пропуск пересекающихся объектов допустимо только в том случае, если плотность объектов невелика и события пересечения происходят редко по сравнению с количеством проанализированных объектов. В смоделированных данных процент удаленных гиф был низким <5% для всех SNR. Тем не менее, события пересечения являются распространенной проблемой при одновременном отслеживании нескольких объектов, и их пропуск является подходящим решением, чтобы избежать неправильной интерпретации количественных данных. ²⁸ .В долгосрочной перспективе могут быть реализованы подходы разделения нитевидных сетей на отдельные волокна при сохранении ветвей. ⁴⁸ .

HyphaTracker удобно управляется графическим интерфейсом пользователя и обеспечивает быстрый автоматизированный анализ данных множества проростков параллельно в соответствии с индивидуальными настройками. HyphaTracker обеспечивает отфильтрованный результат увеличения временной площади нескольких отдельных конидий из одной партии. Кроме того, отфильтрованные двоичные выходные данные обеспечивают основу для дальнейшего подробного индивидуального анализа временных рядов.Таким образом, вывод HyphaTracker может также помочь уменьшить количество ошибочных обнаружений другими ранее описанными инструментами. Например, результирующий бинаризованный временной ряд, отфильтрованный с помощью HyphaTracker, может быть дополнительно проанализирован плагином ImageJ AnalyzeSkeleton ⁴⁹ для обнаружения событий временного ветвления в развивающемся грибке и оценки фактической длины отфильтрованных проростков. В общем, такие дальнейшие аналитические шаги могут быть легко интегрированы в исходный код HyphaTracker.

На основе смоделированных данных, используемых для анализа достоверности информации, мы определили, что процедура фильтрации HyphaTracker является надежной и надежной. Параметры, описывающие кинетику развития гиф, были выявлены с высокой точностью даже при очень низких SNR (рис.). Тем не менее, высокий оптический контраст грибов и окружающей их среды облегчает обнаружение проростков инструментом HyphaTracker из-за более высокого отношения сигнал / шум. Мы эмпирически выбрали слегка расфокусированную настройку, приводящую к темному появлению конидий и прорастающих гиф в микроскопе яркого света.Следовательно, площадь гиф и конидий может быть немного завышена, но, с другой стороны, создание бинарных изображений может немного уменьшить площадь по краям грибов. HyphaTracker также позволяет анализировать ростки, отображаемые в фокальной плоскости, при условии адекватной предварительной обработки изображения. Общей проблемой является феномен, заключающийся в том, что в светлопольной микроскопии гифы часто выглядят бледнее в центре, что приводит к их появлению в виде дырчатых структур на бинарном изображении. Поэтому бинарный фильтр ImageJ «Заполнить дыры» был реализован в коде HyphaTracker как часть процедуры «Обнаружение проростков», восстанавливающей дыры в гифах.Следует отметить, что при маркировке объектов не учитываются артефакты изображения. Таким образом, важно просмотреть данные вручную или определить ограничения в метаанализе, которые являются ограничивающими для гиф. Это особенно актуально для анализов, в которых конидии появляются позже в серии изображений или для гиф, которые растут из фокальной плоскости (см. Также дополнительную информацию).

Для проверки точности HyphaTracker мы использовали смоделированные данные, содержащие достоверную информацию.Для моделирования мы стремились сформулировать относительно реалистичный сценарий. Существуют различные исследования динамики прорастания конидий у грибов. Большинство из них сосредоточено на полном росте мицелия в течение нескольких дней без детального расширения в первые часы ^{1 , 5} , показывая только процент прорастания с течением времени и скорость роста ⁵⁰ , использование различных поддерживающих субстратов ³ или сосредоточение внимания на событиях прорастания ⁵¹ .Однако, насколько нам известно, нет исследований, детально анализирующих динамику формирования зародышевых трубок и раннего развития гиф. Общим аспектом кинетики роста отдельных гиф является экспоненциальное расширение гиф с постоянной удельной скоростью в ранней фазе роста ² . Модель Бараньи ⁵² , используемая для анализа данных о прорастании, представляет собой модель экспоненциального роста с запаздыванием, первоначально введенную для моделирования роста бактерий в продуктах питания, но также действительную для моделирования роста грибов ⁴ .Это поведение подробно описано Гугули и др. . ¹ и Проссер ² : Расширение гиф начинается с прорастания конидий и образования зародышевых трубок. Скорость расширения увеличивается, в то время как длина зародышевой трубки увеличивается, что приводит к самоподдерживающемуся росту. Такое поведение роста можно описать экспоненциальным ростом с постоянной удельной скоростью. В конце концов скорость разрастания достигает постоянного значения, что приводит к линейному расширению гифы, что, скорее всего, связано с ограничением транспортировки материала от кончика к областям позади него.Скорость роста гиф грибов является важной мерой воздействия факторов окружающей среды на рост грибов ^{3 — 5} .

Недавно мы сообщили, что зеленый свет, воспринимающий родопсин CarO, задерживает раннее развитие гиф у F. fujikuroi ¹⁹ . Однако из-за отсутствия подходящих методов кинетика прорастания не исследовалась, и мы проанализировали статистическое распределение длины только через 12 часов прорастания, которое измеряли вручную.Теперь набор инструментов HyphaTracker позволил нам проанализировать расширение площади в первые 15 часов 4 различных штаммов F. fujikuroi , двух контрольных штаммов с дефицитом родопсина (Δ opsA , CarO-) и двух экспрессирующих родопсин (дикий тип, CarO +). штаммы (таблица). Только CarO-дефицитный штамм показал явно ускоренный и более ранний образец прорастания, в то время как другие три штамма показали аналогичную, но более медленную кинетику в тестируемых условиях (рис.). Используя модель Бараньи ⁵² (ур. ⁵ ), мы вывели явно уменьшенное время задержки на 40 минут (кадр 2) по сравнению с другими штаммами, которые находились в диапазоне 7–9 часов (кадры с 22 по 26)). Соответственно, в конце измерения большее количество удлиненных проростков обнаруживается у CarO-дефицитного штамма (рис.). Это также согласуется с нашими предыдущими нединамическими данными о длине проростков, измеренной вручную после 12 часов роста ¹⁹ . С другой стороны, константа скорости была немного снижена у штамма с дефицитом CarO.Менее выраженный экспоненциальный рост, на который указывает немного сниженная константа скорости у CarO-дефицитного штамма, может объяснить предыдущие открытия, что характер роста не отличается между CarO + и CarO- штаммом при сравнении на уровне колонии ¹⁹ . Интересно, что в наших экспериментах в фазу линейного роста уже вступили быстрорастущие гифы CarO- (дополнительный рис. ^S12 ).

Возникает загадочный вопрос, почему отсутствие грибкового родопсина CarO приводит к изменению кинетики.Можно предположить, что физиологические процессы, связанные с прорастанием, как описано для родственных видов F. graminearum ⁵³ , могут запускаться намного раньше и в большей степени, когда родопсин CarO отсутствует. Умеренное расширение площади в начальной лаг-фазе предположительно может быть коррелировано с изотропным расширением конидий, которое включает набухание конидий и переориентацию клеточной стенки ^{54 , 55} , в то время как более позднее экспоненциальное увеличение связано с анизотропным ростом ( рост зародышевой трубки) ⁵⁵ .CarO был охарактеризован как светозависимый протонный насос внешнего действия. Хотя протонный насос в принципе способен влиять на pH во время прорастания, мы ожидаем, что его активность будет поддерживать подкисление окружающей среды и рост грибков, что противоречит нашим выводам. Таким образом, можно считать, что обработка сигнала CarO требует некоторой длительной реакции конидия, которая устаревает в отсутствие родопсина, что приводит к резкому сокращению времени задержки.В ближайшем будущем запланированы дальнейшие эксперименты, чтобы понять роль CarO в качестве регулятора прорастания конидий. В этом отношении также представляет интерес потенциальное влияние слабых органических кислот и ауксинов на динамику прорастания F. fujikuroi .

Заключение

HyphaTracker позволяет проводить компьютерный анализ микроскопических записей с временным разрешением прорастания конидий, выявляя ценные данные в динамике раннего прорастания. Набор инструментов HyphaTracker предоставляет большие возможности для анализа мутантных штаммов, в которых нарушены физиологически релевантные белки.Таким образом, динамический анализ раннего прорастания при различных обработках и условиях может предоставить новую информацию о физиологической реакции грибов и, таким образом, помочь в разработке новых противогрибковых агентов. Набор инструментов также позволяет отслеживать динамику прорастания конидий после воздействия различных условий окружающей среды ^{56 — 58} и экссудатов растений ⁵⁹ , как это недавно было сделано с другими видами Fusarium . Данные, полученные с помощью таких анализов, очень важны, поскольку предотвращение прорастания грибов является удобной стратегией защиты товаров от разрушения грибами.Хотя набор инструментов был разработан для аскомицета F. fujikuroi , он также подходит для других грибов. Кроме того, благодаря реализации с открытым исходным кодом в ImageJ HyphaTracker может быть дополнительно адаптирован их пользователями к их конкретным требованиям. Если доступны сильно флуоресцентные штаммы грибов с однородно распределенными флуорофорами, мы ожидаем, что они будут также применимы к HyphaTracker.

Методы

Культивирование грибов

Штаммы Fusarium fujikuroi любезно предоставлены J.Ф. Лесли (Собрание Канзасского государственного университета, Манхэттен, США) и Дж. Авалос (Севильский университет, Испания). Мы использовали штамм дикого типа FKMC1995, мутантный штамм Δ opsA SF223 ⁴⁰ и мутантный штамм SF100 с дефицитом carO вместе с его соответствующим контрольным штаммом SF101 ³⁹ . Штаммы выращивали в течение 7–9 дней в минимальной среде DG _Asn ⁶⁰ при 28 ° C на свету и освещенности ~ 7 мВт / см ^— ².Конидии собирали с мицелия в стерильной воде соскабливанием. Частицы мицелия удаляли фильтрованием суспензии конидий через стеклянные фильтры с размером пор 2 (Robu, Hattert, Германия). Суспензию конидий центрифугировали (5 мин, 2000 g, 4 ° C) и осадок промывали стерильной H ₂ O. Конидии ресуспендировали в H ₂ O и подсчитывали.

Эксперименты по прорастанию и получение изображений

Микроскопические исследования проводили в микрокамерах, установленных на покровных стеклах (Labtek II, Thermo-Scientific, Брауншвейг, Германия).Поверхность стекла протравливали в 0,5 М NaOH в течение 2 часов и покрывали 0,01% поли-D-лизина (P7886, Sigma, Taufkirchen, Германия) в течение по меньшей мере 4 часов при комнатной температуре. После процедуры травления и нанесения покрытия лунки трижды тщательно промывали стерильной H ₂ O и заполняли 500 мкл DG-среды. Конидии были распределены плотностью 2 000–5 000 конидий на лунку. На этом этапе можно добавить подходящие реперные маркеры, чтобы гарантировать успех метода коррекции дрейфа. Прорастание конидий регистрировали с помощью инвертированного микроскопа (Axiovert200, Zeiss, Германия) с использованием объектива с 10-кратным увеличением (NA 0.3 Plan-Neofluar, Zeiss). Камеру нагревали до 28 ° C с помощью подогревателя, изготовленного на заказ. Временные ряды прорастания конидий регистрировали с помощью камеры sCMOS (Zyla 5.5, Андор, Белфаст, Великобритания; 0,638 мкм / пиксель после окончательного увеличения) с частотой кадров 0,2 кадра мин. ^-1 в течение 15 часов. Во всех экспериментах образец освещался светопольным источником света с интенсивностью 2 мВт / см ^— ². Фокальная плоскость была отрегулирована таким образом, чтобы конидии казались темными на изображении в светлом поле, что облегчило успешную обработку изображений.Аппаратное обеспечение контролировалось с помощью программного обеспечения µManager ⁶¹ (Калифорнийский университет, Сан-Франциско, США).

Анализ изображений с помощью HyphaTracker

Изображения были обработаны с использованием программного обеспечения с открытым исходным кодом ImageJ (v1.51g-v1.51n; пакет Fiji ⁴¹ ). Алгоритм под названием «HyphaTracker» (дополнительное программное обеспечение) был разработан для автоматического обнаружения и анализа прорастания конидий (рис.). Набор инструментов включает в себя 5 независимых шагов, которые являются вспомогательными для автоматического определения площади, покрытой конидиями / проростками, т.е.е. 1. Обработка данных, 2. Коррекция дрейфа, 3. Создание двоичного изображения, 4. Генерация ROI, 5. Генерация идентификатора и анализ зародышей. Все процессы могут выполняться последовательно или использоваться как отдельная функция. Ниже приведены настройки, которые мы использовали для анализа наших данных. Настройки по умолчанию были протестированы с учетом размера пикселя нашей микроскопической установки и при необходимости должны быть изменены. Для объяснения общего использования HyphaTracker мы отсылаем читателя к дополнительной информации.

Уменьшение стека

Прорастание конидий регистрировали с частотой кадров 12 кадров ч ^-1 в записях продолжительностью более 15 часов (временная серия из 184 изображений). Чтобы оптимизировать вычислительную производительность, мы уменьшили разрешение данных. Для данных, представленных на рис., Мы уменьшили количество проанализированных кадров до 46, используя только каждые 4 ^-е изображения для дальнейшего анализа.

Коррекция дрейфа

Эта функция была важна, так как при анализе прорастания ROI в первом и последнем кадрах должны соответствовать друг другу, и, таким образом, латеральное положение конидия имеет важное значение для определения идентификатора проростка и исключения событий скрещивания. .Для выполнения коррекции дрейфа требовалась неподвижная опорная точка в качестве реперного маркера. Мы использовали не проросшие споры или клеточные остатки, иммобилизованные на поверхности стекла, в качестве эталона для коррекции дрейфа. Пригодность частицы для коррекции сноса может быть обоснована координатной траекторией. Требовалось вырезать новый участок из скорректированного временного ряда, который использовался для дальнейшего анализа.

Создать двоичное изображение

Временной ряд был записан с разрешением 16 бит.В этой программе был сгенерирован временной ряд двоичного изображения, который можно было использовать для дальнейшего анализа. Сначала был отфильтрован фон, чтобы уменьшить шум на изображении без потери информации о конидиях или их ростках. Это было сделано с помощью комбинации катящегося шарика (20 пикселей) и фильтра Гаусса (1 пиксель). Затем был применен порог для создания двоичного изображения. Пороговый уровень был либо автоматически определен алгоритмом ImageJ по умолчанию (на основе алгоритма isodata ⁶² ), либо адаптирован вручную для отделения проростков от фонового сигнала (см. Также дополнительную информацию, раздел ^1.3 ). Оставшийся шум в двоичном изображении был удален с помощью функции «Удаление пятен», включенной в ImageJ. «Устранение пятен» — это медианный фильтр, который заменяет каждый пиксель средним значением в его окрестности 3 × 3. Наконец, каждая спора и гифа, превышающие порог, казались четко отделенными от белого грунта.

Создание области интереса

области интереса были созданы с помощью функции «Анализировать частицы» в ImageJ. Здесь объекты были отфильтрованы по округлости и площади (минимальная округлость 0.00–0,10, макс. округлость 1,00; минимальная площадь 20 пикселей, максимальная площадь 100000 — бесконечность). F. fujikuroi демонстрирует конидии с сильной полярностью, поэтому в кольцевых структурах вряд ли могут быть споры грибов. Чтобы избежать РИ, не принадлежащих конидиям или проросткам (остаточный шумовой сигнал), минимальный размер был установлен как минимум 20 пикселей. Это соответствует минимальному количеству непрорастающих спор F. fujikuroi (7,67 мкм ² ; n = 104).

GermlingID и анализ

ROI были проанализированы и отсортированы с использованием трех этапов: i) определение происхождения ROI, ii) определение основных ROI и iii) присвоение идентификаторов ROI.Для определения происхождения ROI была определена поздняя система отсчета, в которой видны все непрораставшие споры. Из этих областей интереса извлекаются координаты, которые служат отправными точками. Затем были определены основные области интереса, то есть области интереса в последнем кадре. Эти ROI были проверены путем проверки того, что они имеют только одно происхождение спор. Наконец, все области интереса были назначены основной области интереса, что привело к разным целым числам для каждой области интереса (ID). В конечном итоге возникающие дыры в форме проростков восстанавливаются во время анализа с помощью бинарного фильтра ImageJ, «заполняющего дыры».

Наконец, был выведен текстовый файл с указанием области, временной информации (номера кадра) и идентификатора вместе с дополнительной геометрической информацией всех областей интереса. Затем эти данные были дополнительно проанализированы с помощью OriginPro2016G (OriginLab Corporation, Нортгемптон, США) или Mathematica (Wolfram Inc., версия 11.1). Кроме того, отфильтрованный TIF-файл был выведен в виде двоичного временного ряда, который отображал рост каждого зародыша.

Моделирование и анализ достоверности данных

Для тестирования производительности HyphaTracker мы проанализировали смоделированные данные, которые напоминают экспериментальные фильмы с точки зрения формы гиф, роста, размера изображения и характеристик отношения сигнал / шум изображения, и сравнили достоверные данные с результатами анализа.Все симуляции выполнялись с помощью специального кода, написанного в системе Mathematica (Wolfram Inc., версия 11.1). Предполагалось, что растущие гифы напоминают 2-мерные полимеры, описанные как червеобразные цепочки с фиксированной длиной персистентности и переменной длиной контура. Рост моделировался путем выборки увеличения полимеров на фиксированном временном шаге из распределения вероятностей, представляющего определенную модель роста. Всегда подтверждалось, что размер шага меньше постоянной длины ⁶³ .Направление роста изменялось случайным образом с небольшим изменением угла Ѳ, полученным из функции плотности вероятности

P (θ) = LP2πle − LPθ22l,

1

, где L _p — длина сохранения, а l размер шага. Все параметры и модель роста были выбраны так, чтобы максимально приближать их к экспериментальным наблюдениям. В представленных данных мы приняли модель роста, относящуюся к модели запаздывающего экспоненциального роста, как заявлено Бараньи и др. . ⁵² . Здесь увеличение длины ΔL _C на каждом временном шаге Δt зависит от абсолютного времени t = n Δt (где n — индекс временного шага) и пропорционально текущей длине контура L _C ( n Δt), константа скорости k и поправочный коэффициент α ( n Δt), учитывающий время задержки, которое задерживает рост:

Δ L _c ( n Δ t ) = α ( n Δ t ) k L _c ( n Δ t ) Δ t ,

2

Поправочный коэффициент α ( n Δt) включает идею о том, что критическое вещество должно накапливаться, и характеризуется константой инициализации q и константой скорости k :

В этом подходе определяется время запаздывания t _lag как

В симуляторе Мы варьировали исходный размер L _{0 и} (где i относится к индивидуальному полимеру) полимеров в соответствии с нормальным распределением.

Из смоделированных полимерных следов был создан фильм путем выбора случайного начального положения и ориентации для каждого из 20 полимеров на квадрате 2560 × 2560 мкм² и преобразования каждого кадра в двоичное изображение с размером 4000 × 4000 пикселей. Изображения были размыты фильтром Гаусса с радиусом 8 пикселей для увеличения ширины полимерных линий. Фон был добавлен после фонового распределения экспериментальных изображений (с указанием значений интенсивности, распределенных по Гауссу, со стандартным отклонением 0.03 около среднего значения 0,5), а соотношение сигнал / шум регулировалось изменением средней силы сигнала по отношению к средним фоновым значениям.

Для любого выбора начального размера полимера L ₀ , константы скорости k и константы инициализации q длина контура L _c ( t ) может быть подогнана к аналитическому выражению

y (t) = y0 + k (t − 1kln (1 + qq + e − kt))

5

с y ( t ) = ln (L _c ( t )) и y ₀ = ln (L ₀ ).Таким образом можно было подогнать результаты HyphaTracker и напрямую сравнить извлеченные параметры с входными данными моделирования.

Анализ скорости прорастания

Для временного анализа прорастания использовались только конидии, которые присутствовали в каждом кадре в течение всего времени наблюдения. В этой оценке использовались только конидии, показывающие четкое прорастание (конечная площадь через 15 часов, по крайней мере, в 2 раза больше начальной). Временной ряд изображения был сокращен, и каждое четвертое изображение было сохранено.После обработки данных с помощью HyphaTracker площадь каждого проростка была нанесена на график в зависимости от времени, и данные были подогнаны с использованием уравнения. ⁵ . Для лучшей визуализации были рассчитаны медианное значение и квартиль всех конидий каждого штамма (рис.).

Доступность данных

Все соответствующие данные включены в рукопись и дополнительную информацию. Исходный код HyphaTracker предоставляется в виде дополнительного файла «HyphaTracker_v1.0.zip». Обновления будут доступны по адресу http: // bcp.Phys.strath.ac.uk/photophysics/super-resolution/software/. Кроме того, предоставляются различные временные ряды тестов, дающие читателю возможность протестировать макрос непосредственно в ImageJ. Четыре временных ряда полноразмерных изображений (по 2 ГБ каждый) доступны по адресу https://go.uniwue.de/hyphatracker, а другие временные ряды можно получить у соответствующего автора по разумному запросу.

Электронный дополнительный материал

Выражение признательности

Эта работа была поддержана Немецким исследовательским фондом U.Т. (ДФГ, ТЭ 832-4 / 1). Мы благодарны Дж. Авалосу (Севилья) за предоставленные штаммы грибов и Н. Терховену и М. Анкенбранду за критическое обсуждение алгоритма обнаружения.

Вклад авторов

M.B. инициировал проект и провел предварительные исследования. S.S. провел эксперименты по прорастанию конидий и анализ HyphaTracker. S.D. смоделированные наземные данные, S.v.L. спроектировал и запрограммировал набор инструментов HyphaTracker и разработал блок-схемы. М.Б. и ты.Т. выполнил поиск неисправностей. U.T. и С. проанализировали данные о прорастании конидий, U.T. подготовил цифры и написал бумагу. Все авторы рецензировали рукопись.

Примечания

Конкурирующие интересы

Авторы заявляют, что у них нет конкурирующих интересов.

Сноски

Майкл Брюнк и Себастьян Спут внесли равный вклад в эту работу.

Электронный дополнительный материал

Дополнительная информация сопровождает этот документ на 10.1038 / s41598-017-19103-1.

Примечание издателя: Springer Nature сохраняет нейтралитет в отношении юрисдикционных претензий на опубликованных картах и ​​принадлежностей организаций.

Список литературы

1. Гугули М., Кутсуманис К.П. Связь между прорастанием и ростом мицелия отдельных спор грибов. Int. J. Food Microbiol. 2013; 161: 231–239. DOI: 10.1016 / j.ijfoodmicro.2012.12.006. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

2. Проссер, Дж. И. Кинетика роста и ветвления нитчатых волокон в Растущий гриб 301–318 (Springer, Нидерланды, 1995).

3. ван Лаарховен К.А., Хуйнинк Х.П., Сегерс Ф.Д.Дж., Дейкстерхейс Дж., Адан ОКГ. Раздельное влияние содержания влаги и активности воды на рост гифы Penicillium rubens на пористой среде. Environ. Microbiol. 2015; 17: 5089–5099. DOI: 10.1111 / 1462-2920.13012. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar] 4. Алонсо В., Кавальери Л., Рамос А.Дж., Торрес А., Марин С. Моделирование влияния pH и активности воды на рост Aspergillus fumigatus , выделенного из кукурузного силоса. Int.J. Appl. Microbiol. 2017; 122: 1048–1056. DOI: 10.1111 / jam.13395. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar] 5. Samapundo S, Devlieghere F, De Meulenaer B, Debevere J. Кинетика роста культур из единичных спор Aspergillus flavus и Fusarium verticillioides на кукурузной муке с желтым зубцом. Food Microbiol. 2007. 24: 336–345. DOI: 10.1016 / j.fm.2006.07.020. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar] 6. Пап П., Ранкович Б., Маширевич С. Влияние температуры, относительной влажности и света на конидиальное прорастание мучнистой росы дуба ( Microsphaera alphitoides Griff. и Maubl.) В контролируемых условиях. Arch. Биол. Sci. 2013; 65: 1069–1078. DOI: 10.2298 / ABS1303069P. [CrossRef] [Google Scholar] 7. Hagiwara D, et al. Сравнительный анализ транскриптома, выявляющий спящие конидии и гены, связанные с прорастанием, у видов Aspergillus : существенная роль AtfA в покое конидий. BMC Genomics. 2016; 17: 358. DOI: 10.1186 / s12864-016-2689-z. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar] 8. Родригес-Ромеро Дж., Хедтке М., Кастнер С., Мюллер С., Фишер Р.Грибы, спрятанные в почве или в воздухе: свет имеет значение. Анну. Rev. Microbiol. 2010. 64: 585–610. DOI: 10.1146 / annurev.micro.112408.134000. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

9. Коррочано, Л.М. и Авалос, Дж. Световое зондирование в клеточной и молекулярной биологии нитчатых грибов (ред. Боркович, К. и Эбболе, DJ) 417–441 (ASM Press , 2010).

10. Bahn YS, et al. Ощущение окружающей среды: уроки грибов. Nat. Rev. Microbiol. 2007; 5: 57–69. DOI: 10,1038 / nrmicro1578.[PubMed] [CrossRef] [Google Scholar] 11. Фишер Р., Агирре Дж., Эррера-Эстрелла А. и Коррочано Л. М. Сложность грибкового зрения. Microbiol. Спектр . 4 , ФУНК-0020-2016 (2016). [PubMed] 12. Дасгупта А., Фуллер К.К., Данлэп Дж. К., Лорос Дж. Дж. Взгляд на мир по-другому: вариабельность фотосенсорных механизмов двух модельных грибов. Environ. Microbiol. 2016; 18: 5–20. DOI: 10.1111 / 1462-2920.13055. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar] 13. Herrera-Estrella A, Horwitz BA.Глядя глазами грибов: молекулярная генетика фоторецепции. Мол. Microbiol. 2007; 64: 5–15. DOI: 10.1111 / j.1365-2958.2007.05632.x. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar] 14. Froehlich AC, Лю Й., Лорос JJ, Dunlap JC. Белый воротничок-1, циркадный фоторецептор синего света, связывающийся с частотным промотором. Наука. 2002; 297: 815–819. DOI: 10.1126 / science.1073681. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar] 15. Schwerdtfeger C, Linden H. VIVID представляет собой флавопротеин и служит грибковым фоторецептором синего света для фотоадаптации.EMBO J. 2003; 22: 4846–4855. DOI: 10,1093 / emboj / cdg451. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar] 16. Томпсон С.Л., Санкар А. Фоторецепторы синего света с фотолиазой / криптохромом используют энергию фотонов для восстановления ДНК и сброса циркадных часов. Онкоген. 2002; 21: 9043–9056. DOI: 10.1038 / sj.onc.1205958. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar] 17. Tagua VG, et al. Грибной криптохром с активностью репарации ДНК указывает на раннюю стадию эволюции криптохрома. Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 2015; 112: 15130–15135.DOI: 10.1073 / pnas.1514637112. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar] 18. Блюменштейн А. и др. Aspergillus nidulans Фитохром FphA подавляет половое развитие при красном свете. Curr. Биол. 2005; 15: 1833–1838. DOI: 10.1016 / j.cub.2005.08.061. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar] 19. Гарсиа-Мартинес Дж., Брунк М., Авалос Дж., Терпитц У. Родопсин CarO гриба Fusarium fujikuroi — это световой протонный насос, который замедляет прорастание спор. Sci. Rep.2015; 5: 7798. DOI: 10,1038 / srep07798. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar] 20. Сингх Р., Сандер С. Гниль и бакана из риса: обзор. Rev. Plant Pathol. 2012; 5: 565–604. [Google Scholar]

21. Оу, С. Х. Баканаэ и пищевая гниль в болезнях риса 262–272 (Микологический институт Содружества наций, 1985).

22. Aunsbjerg SD, Andersen KR, Knøchel S. Мониторинг грибкового ингибирования и морфологических изменений в реальном времени. J. Microbiol. Методы. 2015; 119: 196–202.DOI: 10.1016 / j.mimet.2015.10.024. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar] 23. Баум Т. и др. HyphArea — автоматический анализ пространственно-временных паттернов грибков. J. Plant Physiol. 2011; 168: 72–78. DOI: 10.1016 / j.jplph.2010.08.004. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar] 24. Чой В., Патель Н., Тибо Дж. Применение анализа изображений в грибковой ферментации Trichoderma reesei RUT-C30. Biotechnol. Прог. 2011; 27: 1544–1553. DOI: 10.1002 / btpr.667. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar] 25. Барри DJ, Уильямс GA, Чан С.Автоматический анализ морфологии нитчатых микробов с помощью AnaMorf. Biotechnol. Прог. 2015; 31: 849–852. DOI: 10.1002 / btpr.2087. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar] 26. Vidal-Diez de Ulzurrun G, et al. Автоматизированный анализ пространственно-временной динамики грибов на основе изображений. Fungal Genet. Биол. 2015; 84: 12–25. DOI: 10.1016 / j.fgb.2015.09.004. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar] 27. Ducret A, Quardokus EM, Brun YV. MicrobeJ, инструмент для высокопроизводительного обнаружения бактериальных клеток и количественного анализа. Nat.Microbiol. 2016; 1: 16077. DOI: 10.1038 / nmicrobiol.2016.77. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar] 28. Де Вилдер, Дж., Ванденбуссе, Ф., Ху, Й., Филипс, У. и Ван Дер Стретен, Д. Rosette Tracker: инструмент анализа изображений с открытым исходным кодом для автоматической количественной оценки эффектов генотипа. Физиология растений . 160 , (2012). [Бесплатная статья PMC] [PubMed] 29. Halavi M, Hamilton KA, Parekh R, Ascoli GA. Цифровые реконструкции морфологии нейронов: три десятилетия научных исследований.Передний. Neurosci. 2012; 6: 1–11. DOI: 10.3389 / fnins.2012.00049. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar] 30. Fanti Z, Елена Мартинес-Перес M, de-Miguel FF. Neurongrowth, программное обеспечение для автоматической количественной оценки динамики нейритов и филоподий на основе покадровой последовательности цифровых изображений. Dev. Neurobiol. 2011; 71: 870–881. DOI: 10.1002 / dneu.20866. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar] 31. Бассейн M, Thiemann J, Bar-Or A, Fournier AE. NeuriteTracer: новый плагин ImageJ для автоматической количественной оценки роста нейритов.J. Neurosci. Методы. 2008. 168: 134–139. DOI: 10.1016 / j.jneumeth.2007.08.029. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar] 32. Ho S-Y и др. NeurphologyJ: автоматический метод количественной оценки морфологии нейронов и его применение в фармакологических открытиях. BMC Bioinformatics. 2011; 12: 230. DOI: 10.1186 / 1471-2105-12-230. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar] 33. Myatt DR, Hadlington T, Ascoli GA, Nasuto SJ. Нейромантик — от полуавтоматического до полуавтоматического восстановления морфологии нейронов.Передний. Нейроинформ. 2012; 6: 4. DOI: 10.3389 / fninf.2012.00004. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar] 34. Онг К.Х., Де Дж., Ченг Л., Ахмед С., Ю. В. NeuronCyto II: автоматическое и количественное решение для перекрестных нейронных клеток при высокопроизводительном скрининге. Cytom. Часть A. 2016; 89: 747–754. DOI: 10.1002 / cyto.a.22872. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar] 35. Meijering E, et al. Разработка и проверка инструмента для отслеживания и анализа нейритов на изображениях флуоресцентной микроскопии.Цитометрия. А. 2004; 58: 167–76. DOI: 10.1002 / cyto.a.20022. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar] 36. Торрес-Эспин А., Сантос Д., Гонсалес-Перес Ф, дель Валле Дж., Наварро Х. Neurite-J: плагин Image-J для анализа роста аксонов в органотипических культурах. J. Neurosci. Методы. 2014; 236: 26–39. DOI: 10.1016 / j.jneumeth.2014.08.005. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar] 37. Smafield T и др. Автоматическая количественная оценка длины дендритов для высокопроизводительного скрининга зрелых нейронов. Нейроинформатика. 2015; 13: 443–458.DOI: 10.1007 / s12021-015-9267-4. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar] 38. Барри DJ, Чан С., Уильямс, Джорджия. Морфологическая количественная оценка развития мицелиальных грибов с использованием иммобилизации мембран и автоматического анализа изображений. J. Ind. Microbiol. Biotechnol. 2009; 36: 787–800. DOI: 10.1007 / s10295-009-0552-9. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar] 39. Прадо М.М., Прадо-Кабреро А., Фернандес-Мартин Р., Авалос Дж. Ген семейства опсинов в кластере каротиноидных генов Fusarium fujikuroi .Curr. Genet. 2004. 46: 47–58. DOI: 10.1007 / s00294-004-0508-6. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar] 40. Estrada AF, Avalos J. Регулирование и целенаправленная мутация opsA, кодирующая ортолог опсина NOP-1 в Fusarium fujikuroi . J. Mol. Биол. 2009; 387: 59–73. DOI: 10.1016 / j.jmb.2009.01.057. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar] 42. Унсер М. Сэмплинг — 50 лет после Шеннона. Proc. IEEE. 2000. 88: 569–587. DOI: 10,1109 / 5,843002. [CrossRef] [Google Scholar] 44. Ронгаи Д., Милано Ф., Скио Э. Ингибирующее действие экстрактов растений на конидиальное прорастание фитопатогенных грибов Fusarium oxysporum .Являюсь. J. Plant Sci. 2012; 3: 1693–1698. DOI: 10.4236 / ajps.2012.312207. [CrossRef] [Google Scholar] 45. Lengeler KB, et al. Каскады передачи сигналов, регулирующие развитие и вирулентность грибов. Microbiol. Мол. Биол. Rev.2000; 64: 746–785. DOI: 10.1128 / MMBR.64.4.746-785.2000. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar] 46. Röhrig J, Kastner C, Fischer R. Light подавляет прорастание спор через фитохром в Aspergillus nidulans . Curr. Genet. 2013; 59: 55–62. DOI: 10.1007 / s00294-013-0387-9.[PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

47. Коррочано, Л. М. и Галланд, П. Фотоморфогенез и гравитропизм у грибов при росте, дифференцировке и сексуальности — Mycota I (изд. Wendland, J.) 235–263 ( Springer, 2016).

49. Арганда-Каррерас И., Фернандес-Гонсалес Р., Муньос-Баррутия А., Ортис-де-Солорсано С. Трехмерная реконструкция гистологических срезов: применение к ткани молочной железы. Microsc. Res. Tech. 2010; 73: 1019–1029. DOI: 10.1002 / jemt.20829. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar] 50.Джудет Д., Бенсуссан М., Перье-Корне Дж. М., Дантиньи П. Распределение скорости роста зародышевых трубок и времени прорастания конидий Penicillium chrysogenum зависит от активности воды. Food Microbiol. 2008; 25: 902–907. DOI: 10.1016 / j.fm.2008.05.007. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar] 51. Кристиансен Т., Шпор А.Б., Нильсен Дж. Онлайн-исследование кинетики роста отдельных гиф Aspergillus oryzae в проточной ячейке. Biotechnol. Bioeng. 1999; 63: 147–53. DOI: 10.1002 / (SICI) 1097-0290 (199

) 63: 2 <147 :: AID-BIT3> 3.0.CO; 2-М. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar] 52. Бараньи Дж., Робертс Т.А. Динамический подход к прогнозированию роста бактерий в пище. Int. J. Food Microbiol. 1994; 23: 277–294. DOI: 10.1016 / 0168-1605 (94)-0. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar] 53. Сеонг Кей, Чжао Х, Сюй Дж.Р., Гюльденер У., Кистлер ХК. Прорастание конидий мицелиальных грибов Fusarium graminearum . Fungal Genet. Биол. 2008. 45: 389–399. DOI: 10.1016 / j.fgb.2007.09.002. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar] 54. Даге Э., Алстинс Д., Латге Дж.П., Дюфрен Ю.Ф.Динамика клеточной поверхности с высоким разрешением прорастающих конидий Aspergillus fumigatus . Биофиз. J. 2008; 94: 656–650. DOI: 10.1529 / biophysj.107.116491. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar] 55. Гугули М., Кутсуманис К.П. Моделирование прорастания спор грибов при постоянных и меняющихся температурных условиях. Int. J. Food Microbiol. 2012; 152: 153–161. DOI: 10.1016 / j.ijfoodmicro.2011.07.030. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar] 56. ван Лаарховен К.А., Хуйнинк Х.П., Адан ОКГ.Микроскопическое исследование роста гифы Penicillium rubens на гипсе в условиях динамической влажности. Microb. Biotechnol. 2016; 9: 408–418. DOI: 10.1111 / 1751-7915.12357. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar] 57. Бейер М., Рёдинг С., Людвиг А., Веррит Дж.А. Прорастание и выживаемость макроконидий Fusarium graminearum под влиянием факторов окружающей среды. J. Phytopathol. 2004. 152: 92–97. DOI: 10.1111 / j.1439-0434.2003.00807.x. [CrossRef] [Google Scholar]

58.Франс, М., Аэртс, Р., Ван Лаэтхем, С. и Цеустерс, Дж. Влияние окружающей среды на рост и споруляцию Fusarium spp . вызывая внутреннюю гниль плодов болгарского перца. Eur. Дж. Плант Патол . 1–9, 10.1007 / s10658-017-1235-4 (2017).

59. Steinkellner S, Mammerler R, Vierheilig H. Прорастание микроконидий патогена томатов Fusarium oxysporum в присутствии корневых экссудатов. J. Plant Interact. 2005; 1: 23–30. DOI: 10.1080 / 1742_{00134334. [CrossRef] [Google Scholar] 60.Авалос Дж., Касадесус Дж., Серда-Ольмедо Е. Мутанты Gibberella fujikuroi , полученные с помощью УФ-излучения и N-метил-N’-нитро-N-нитрозогуанидина. Прил. Environ. Microbiol. 1985; 49: 187–191. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar] 62. Ридлер Т.В., Кальвард С. Определение порогового значения изображения с использованием метода итеративного выбора. IEEE Trans. Syst. Мужчина. Киберн. 1978; 8: 630–632. DOI: 10.1109 / TSMC.1978.4310039. [CrossRef] [Google Scholar] 63. Риветти С., Гутхольд М., Бустаманте С. Сканирующая силовая микроскопия ДНК, нанесенной на слюду: уравновешивание по сравнению с кинетическим захватом, изученное с помощью статистического анализа полимерных цепей.}